大家好,在计算一个RNA的体系,一共有46万个原子,用的REST2方法做的计算,请教几个问题:
问题1. 在300-1000度之间插值了5个replicas. 算了15ns,没有一个副本交换,是不是代码有问题呢?
问题2:在md.log 文件中,为什么会有两行 dE_Term呢?分别表示什么意思呢?
step 1000: timed with pme grid 72 72 72, coulomb cutoff 1.375: 549367.2 M-cycles
Replica exchange at step 1000 time 2.00000
Repl 0 <-> 1 dE_term = -0.000e+00 (kT)
dplumed = 7.619e+02 dE_Term = 7.619e+02 (kT)
Repl ex 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19
Repl pr .00 .00 .00 .00 .00 .00 .00 .00 .00 .00
问题3:在用以下代码执行的时候,GPU使用率只有1%左右,有什么方法改进吗?或者原因是什么呢?谢谢啦!!!
def perform_rest2(repl_num):
directories = [f'rest2_{i}' for i in range(repl_num)]print ('directories=', directories)subprocess.run([ 'mpiexec', '--allow-run-as-root', '-np', f'{repl_num}', '--oversubscribe', 'gmx_mpi', 'mdrun', '-pin', 'on', '-s', 'topol.tpr', '-multidir', *directories, '-plumed', '../plumed.dat', '-replex', '200', '-hrex'])
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