固液两相模拟轨迹胡乱连键，用gmx trjconv命令后固相平移了如何解决？

pu1p · 发表于 Post on 2024-9-19 14:15:40

在mdp中冻结了固体相，跑完的轨迹胡乱连键（如图1），用gmx trjconv命令接-pbc nojump保持连续性，再用-pbc mol解决胡乱连键后固体相就会发生偏移（如图2），请问这种情况如何解决
另外设置冻结好像会对表面相互作用有所影响，但不设置冻结在模拟过程中固体相就会变形的很夸张

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-20 05:51:48

用dynamic bonds观看，或者把液相部分提取成单独的轨迹用-pbc mol处理，和固相显示在一起

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[GROMACS] 固液两相模拟轨迹胡乱连键，用gmx trjconv命令后固相平移了如何解决？