布朗动力学计算出错 LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: r...

tanghuanhgd

老师：
我做碳纳米材料（C60，石墨烯和氧化石墨烯）的布朗动力学。动力学之前我做了最小化和NVT平衡，做C60（所有碳原子不带电）时正常运行，但是做石墨烯和氧化石墨烯时一直出错，感觉跟体系中有带电原子有关。请问老师该怎么解决？
md.mdp:
title                = BD for graphene oxide
integrator        = bd                 
nsteps                = 20000000         
dt                    = 0.0005

; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS
bd-fric                  = 0
ld-seed                  = -1
; Output control
nstxout                        = 5000               
nstvout                        = 5000               
nstenergy                = 5000               
nstlog                        = 5000               
nstxout-compressed  = 5000      
cutoff-scheme   = group
nstlist  = 10
nstcalclr = -1
ns-type  = simple
pbc                = xyz               
; Electrostatics
coulombtype            = Cut-off               
vdwtype =  Cut-off

implicit-solvent = GBSA
gb-algorithm = OBC
nstgbradii = 1
rgbradii = 1
gb-epsilon-solvent = 80
gb-saltconc = 0
gb-obc-alpha =1
gb-obc-beta = 0.8
gb-obc-gamma =4.85
gb-dielectric-offset = 0.009
sa-algorithm = Ace-approximation
sa-surface-tension = 2.05016
; Bond parameters
continuation                = yes                ; Restarting after NPT
constraints                    = all-bonds
constraint-algorithm = LINCS
tcoupl  = V-rescale
tc-grps                = System
tau_t                = 0.1  
ref_t                = 300  
gen_vel                = yes                ; Velocity generation is off
; Pressure coupling is on
pcoupl                        = berendsen          
pcoupltype                = isotropic                   
tau_p                        = 2.0                          
ref_p                        = 1.0                           
compressibility     = 4.5

出错信息  
Step 15, time 0.0075 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.078024, max 1.072690 (between atoms 62 and 64)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length

Fatal error:
Too many LINCS warnings (1007)
If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold in your mdp file
or set the environment variable GMX_MAXCONSTRWARN to -1,
but normally it is better to fix the problem
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

sobereva

不晓得你的体系具体结构什么样，何不做标准的显式溶剂下的MD模拟？结果比BD+GB会明显合理得多。

而且当前步长这么小，用约束也没有意义，去掉约束。

tanghuanhgd

谢谢老师回答
石墨烯的结构：
把约束去掉也不行，还是出错。感觉是模型问题，但是实在不知道哪里有问题，这个模型做MD就没问题。审稿人要求分析布朗运动轨迹，所以才算的BD

you837554

tanghuanhgd 发表于 2017-5-9 20:57
谢谢老师回答
石墨烯的结构：
把约束去掉也不行，还是出错。感觉是模型问题，但是实在不知道哪里有问题， ...

您好！  请问您解决这个问题了吗 我在计算溶剂化自由能时 也遇到了这个问题

Xurr

您好，请问布朗动力学能只针对体系中的水分子（或者水分子中的氧原子）施加阻力吗？