请问这种大环结构可以用什么软件和方法找过渡态呢？

niobium · 发表于 Post on 2018-1-16 15:58:00

本帖最后由 niobium 于 2018-1-16 15:59 编辑

如图，请问各位，这两种结构之间的转变，可以用什么方法找到过渡态呢，或者确定一些能量比较高的构型？高斯的scan功能可以实现吗？但好像不太好确定扫描哪个变量。

我本是个娃娃 · 发表于 Post on 2018-1-16 16:03:43

大共轭的有机结构一般来说半经验足以应付。软件用XTB或者MOPAC。

如果追求精确结果，则DFT即可。软件的话高斯和ORCA是上佳选择。M06-2X是有机体系的首选泛函，基组6-311G*即可。

Jasminer · 发表于 Post on 2018-1-16 17:43:04

本帖最后由 Jasminer 于 2018-1-16 17:45 编辑

找过渡态，这不一定是基元反应吧？找“构型”用构象搜索，方法、软件不少。

niobium · 发表于 Post on 2018-1-16 17:46:37

Jasminer 发表于 2018-1-16 17:43
找过渡态，这不一定是基元反应吧？找“构型”用构象搜索，方法、软件不少。

确实应该不像是个基元反应。其实我也不一定是想找个过渡态，而是想说明从一个结构变到另一个结构很困难，不知道可以怎么用计算的证据来支撑。

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-16 17:48:06

不会是基元反应，一步过不去。
你要找能量比较高的构象，可以尝试做高温下的动力学（比如用xtb程序跑MD，或者高斯里的PM6D3结合BOMD），如果能有互变现象，取其中一些帧，分别优化。

itpfeng · 发表于 Post on 2018-1-16 18:34:05

niobium 发表于 2018-1-16 17:46
确实应该不像是个基元反应。其实我也不一定是想找个过渡态，而是想说明从一个结构变到另一个结构很困难， ...

既然一个左扭，一个右扭，要想扭过去得从不扭的状态过去啊，证明行不容易，想说明困难那就算一下中间态，看一下势垒呗。如果scan计算量会很大吧

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-1-16 19:19:18

用targeted MD跑一下动力学，然后找轨迹中间的结构

ggdh · 发表于 Post on 2018-1-18 16:57:02

本帖最后由 ggdh 于 2018-1-18 17:12 编辑

强行扫描二面角的结果，因为优化的时候最上面的苯苯二面角的扭转垒（74-80对应的二面角，从60到0到-60）跨不过，所以导致了上面的情况

输入文件是修改D3的那个文件如下：
pm6 opt(modredundant,loose)
.....
.....
.....
D 208 209 74 80 S 10 18.000000

有兴趣其实还是可以继续做的。
手动帮扫描过程中的点越过能垒，或者是对扫描中的每个点做个固定二面角的动力学，找到对应二面角的constrained global min

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[综合交流] 请问这种大环结构可以用什么软件和方法找过渡态呢？