求助，使用gromacs进行真空模拟过程体系频繁崩溃

liushu · 发表于 Post on 2021-8-3 10:06:13

本帖最后由 liushu 于 2021-8-3 11:08 编辑

因为分子里有硅，所以想要用opls-aa力场
使用packmol构建体系，在80大小的盒子里面，各放了150个cis，ch分子，

进行能量最小化，

得到em一系列文件，

md.mdp (375 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 27)

em.trr (133.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

em.tpr (291.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

em.log (324.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

em.edr (139.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)
得到的势能.xvg曲线如图

然后进行成品模拟
gmx grompp -f md.mdp -c cis-ch.pdb -p cis-ch.top -o md.tpr

gmx mdrun -v -deffnm md

体系崩溃，请问是哪里出现了问题，mdp文件有哪里需要修改的呢？

cis-ch.top (5.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

ch.itp (9.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

cis.itp (24.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

sun666 · 发表于 Post on 2021-8-3 10:10:00

减小步长试试

liushu · 发表于 Post on 2021-8-3 10:36:41

本帖最后由 liushu 于 2021-8-3 10:43 编辑

sun666 发表于 2021-8-3 10:10
减小步长试试

试了1fs步长，会出现lincs warning报错
能请教一下这个是怎么回事吗
是初始结构有问题，或者mdp文件设置不合理吗

sun666 · 发表于 Post on 2021-8-3 10:53:44

liushu 发表于 2021-8-3 10:36
试了1fs步长，会出现lincs warning报错
能请教一下这个是怎么回事吗
是初始结构有问题，或者mdp文件 ...

检查一下初始结构和，mdp文件。真空中模拟的话看温度设置是否得当，另外em过程步数设置大一点，

liushu · 发表于 Post on 2021-8-3 14:17:05

本帖最后由 liushu 于 2021-8-3 14:18 编辑

sun666 发表于 2021-8-3 10:53
检查一下初始结构和，mdp文件。真空中模拟的话看温度设置是否得当，另外em过程步数设置大一点，

这两个分别是能量最小化和成品模拟的mdp，请教一下是否有什么错误，感谢
改了好多次，但是一到 gmx mdrun -v -deffnm md这一步就崩溃，不知道具体再怎么修改了

.........

sun666 · 发表于 Post on 2021-8-3 14:55:18

liushu 发表于 2021-8-3 14:17
这两个分别是能量最小化和成品模拟的mdp，请教一下是否有什么错误，感谢
改了好多次，但是一到 gmx mdru ...

温度设置低一点试试。真空常温条件肯定跑飞了

liushu · 发表于 Post on 2021-8-3 15:21:40

sun666 发表于 2021-8-3 14:55
温度设置低一点试试。真空常温条件肯定跑飞了

刚试了一下，设置为200，设置为0，都还是会崩溃

sun666 · 发表于 Post on 2021-8-3 19:35:38

liushu 发表于 2021-8-3 15:21
刚试了一下，设置为200，设置为0，都还是会崩溃

现在起码没有lincs warning了。这个报错我倒是没遇到过可以google一下

liushu · 发表于 Post on 2021-8-4 09:02:01

sun666 发表于 2021-8-3 19:35
现在起码没有lincs warning了。这个报错我倒是没遇到过可以google一下

感谢指点，已经解决，从头检查发现是成品模拟用错了文件，本来应该是em.gro，用成了最初的pdb，所以出现了这个fatal error（系统崩溃）

李瘦瘦 · 发表于 Post on 2024-9-18 14:29:22

您好，请问真空模拟的mdp文件可以分享一下吗，谢谢

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