用packmol构建了一个包含酶的溶液体系，如何获得amber需要的拓扑文件和坐标文件？

肖安炜 · 发表于 Post on 2024-9-13 16:38:46

各位老师们，我想问一下，我用packmol构建了一个包含酶的溶液体系，如何获得amber需要的拓扑文件和坐标文件呢，谢谢！！！！

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-13 16:57:39

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “amber和packmol联用” 改了，以后务必注意

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-13 16:58:38

根本不应该用packmol
溶剂环境应当用leap里的solvatebox添加
模拟蛋白质+水的基本流程看官网的例子

肖安炜 · 发表于 Post on 2024-9-13 17:05:46

谢谢老师

肖安炜 · 发表于 Post on 2024-9-13 17:07:52

sobereva 发表于 2024-9-13 16:58
根本不应该用packmol
溶剂环境应当用leap里的solvatebox添加
模拟蛋白质+水的基本流程看官网的例子

但是我想要构建的溶液体系里面含有多种类型的分子，包括聚合物，这样的话也是用leap就可以了吗

肖安炜 · 发表于 Post on 2024-9-18 20:05:30

sobereva 发表于 2024-9-13 16:58
根本不应该用packmol
溶剂环境应当用leap里的solvatebox添加
模拟蛋白质+水的基本流程看官网的例子

老师，我是直接用leap进行复杂溶液体系构建吗，这样的话我没有聚合物的相关力场，这样的话要怎么办呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-18 22:41:31

肖安炜发表于 2024-9-18 20:05
老师，我是直接用leap进行复杂溶液体系构建吗，这样的话我没有聚合物的相关力场，这样的话要怎么办呢？

是
GAFF就能描述聚合物

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