如何处理gromacs中的坐标问题

1154975925 · 发表于 Post on 2024-9-19 17:34:52

本帖最后由 1154975925 于 2024-9-19 17:34 编辑

目前我在探究电场对蛋白质扭转的影响，我的方案是计算施加电场前后，如下红色残基拟合直线之间的夹角，具体来说是，生成电场MD100ns中最后5ns的平均原子坐标下的PDB，然后得到它同样残基序号拟合的矢量，与图下原PDB残基形成的矢量做比较，得到他们的夹角。图片都是PYMOL显示的PDB文件。

之前发过帖子询问如何拟合得到这个直线，得到了SOB老师的回答，我想问的是这两个PDB中的Z轴是同一个Z轴吗，因为SOB老师的这个tcl脚本是计算所选区域内α-碳原子（alpha carbons）的最长主轴矢量与z轴之间的夹角，但是这两个PDB打开来的视角都是不同的，如果不是基于同一个坐标系比较矢量，那就没啥意义了。

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-19 22:22:08

可以先align再算吗？

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[GROMACS] 如何处理gromacs中的坐标问题

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