运用amber生成的拓扑文件和轨迹文件在vmd中无法播放，应该如何解决

肖安炜 · 发表于 Post on 2024-9-19 20:18:56

最近跟着amber教程的例子跑了一遍例子，教程链接如下：
https://jerkwin.github.io/2018/0 ... 8%E4%BA%8C%E8%82%BD但是我不知道为什么在我的VMD中无法查看它的轨迹文件，各位老师大神们，这可能是什么原因导致的，我排查一下

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-19 22:19:53

具体有没有报错？vmd是什么版本？Windows还是linux？

肖安炜 · 发表于 Post on 2024-9-20 11:30:14

student0618 发表于 2024-9-19 22:19
具体有没有报错？vmd是什么版本？Windows还是linux？

运行过程中无报错，VMD是linux的，版本1.9.3，我用的是wsl2上的Ubuntu

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-20 12:46:31

VMD的tcl console (终端上的字) 写了什么？具体“无法播放”是指vmd main没有开到任何文件，还是只有一个frame，还是frame都有了但看不到？

lyj714 · 发表于 Post on 2024-9-20 14:42:18

你这个mdcrd轨迹实际上是netcdf二进制格式，直接改后缀名称为.nc。vmd就可以自动识别轨迹格式并载入。

肖安炜 · 发表于 Post on 2024-9-20 18:48:34

lyj714 发表于 2024-9-20 14:42
你这个mdcrd轨迹实际上是netcdf二进制格式，直接改后缀名称为.nc。vmd就可以自动识别轨迹格式并载入。

谢谢老师

肖安炜 · 发表于 Post on 2024-9-20 19:11:32

student0618 发表于 2024-9-20 12:46
VMD的tcl console (终端上的字) 写了什么？具体“无法播放”是指vmd main没有开到任何文件，还是只有一个fr ...

已经解决了，谢谢老师指导

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