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[GROMACS] 求助:Gromacs模拟液体,在NPT系综下体系有空洞

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您好,我在结构优化后想利用NPT模拟液体,所用的.mdp文件如下,但是最后模拟出来发现快照有空洞如下图1,结构优化后的快照如图2,我在论坛看到卢老师说可以尝试删除DispCorr  = EnerPres,同样也是差不多的结果


202409212015521545..png (206.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

图2

图2

202409212014318139..png (293.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

图1

图1

eq.mdp

4.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 8

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2#
发表于 Post on 2024-9-21 23:23:02 | 只看该作者 Only view this author
跟EnerPres没直接关系。检查力场参数、原子电荷的合理性
并且搞清楚此体系的沸点大概多少,如果参考温度超过沸点,肯定会严重膨胀
没事别自己改默认的fourierspacing
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-21 23:29:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-21 23:23
跟EnerPres没直接关系。检查力场参数、原子电荷的合理性
并且搞清楚此体系的沸点大概多少,如果参考温度超 ...

好的,谢谢老师

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