linux系统使用GauMd2xyz程序转换动力学轨迹报错forrtl: severe (24): end-of-file ...

尘劫 · 发表于 Post on 2022-3-29 15:32:40

本帖最后由尘劫于 2022-3-29 18:41 编辑

我使用gaussian16的ADMP关键字计算结构，然后利用GauMd2xyz转换轨迹格式，我把gaussian的输出文件xyz.out下载到Windows上面使用Windows版本的GauMd2xyz的时候可以转换，但使用linux版本的时候却出现了如下的报错。因为我的结构有点多，而且输出文件也挺大（1g左右），受限于网速，这么多结构从服务器上面下载下来需要耗费的时间挺久的，所以我想请教一下这个问题该如何解决？

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-29 17:22:14

直接写xyz.out就完了

尘劫 · 发表于 Post on 2022-3-29 18:40:34

sobereva 发表于 2022-3-29 17:22
直接写xyz.out就完了

直接写xyz.out也是这样的报错

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-31 14:53:21

输入文件内容有问题，或者版本兼容性问题。没具体文件没法说

另外，Gaussian输出文件是文本文件，压缩的油水巨大，嫌传文件耗时高显然要先压缩

尘劫 · 发表于 Post on 2022-3-31 20:36:56

sobereva 发表于 2022-3-31 14:53
输入文件内容有问题，或者版本兼容性问题。没具体文件没法说

另外，Gaussian输出文件是文本文件，压缩的 ...

谢谢社长，之前没想到压缩，这样下载应该能快好多

PESPES · 发表于 Post on 2024-9-19 08:41:49

本帖最后由 PESPES 于 2024-9-19 08:43 编辑

sobereva 发表于 2022-3-29 17:22
直接写xyz.out就完了

请问社长，GauMD2xyz是不是只适合把G09计算的MD结果转化为xyz文件？使用G16计算MD时，用这个程序转化也出现上述的报错提示，使用的方法是MP2方法。

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-20 04:28:10

PESPES 发表于 2024-9-19 08:41
请问社长，GauMD2xyz是不是只适合把G09计算的MD结果转化为xyz文件？使用G16计算MD时，用这个程序转化也出 ...

能用于G16
前面说过，没具体文件没法说。GauMD2xyz压缩包里自带的例子文件就是G16跑出来的，怎么可能不适合

PESPES · 发表于 Post on 2024-9-23 08:21:23

sobereva 发表于 2024-9-20 04:28
能用于G16
前面说过，没具体文件没法说。GauMD2xyz压缩包里自带的例子文件就是G16跑出来的，怎么可能不 ...

社长，这是Gaussian跑bomd的输出文件，您看看可以用GauMD2xyz程序转化为xyz文件么？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-24 01:29:44

PESPES 发表于 2024-9-23 08:21
社长，这是Gaussian跑bomd的输出文件，您看看可以用GauMD2xyz程序转化为xyz文件么？

甭用#T。或者载入fch文件

PESPES · 发表于 Post on 2024-9-24 08:19:52

sobereva 发表于 2024-9-24 01:29
甭用#T。或者载入fch文件

谢谢社长，我试试不用#T看看能不能转化

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[Gaussian/gview] linux系统使用GauMd2xyz程序转换动力学轨迹报错forrtl: severe (24): end-of-file ...