提问：请问粗粒化分子动力学与耗散粒子动力学有何区别？

万年流星 · 发表于 Post on 2019-5-23 11:59:48

想问下大家粗粒化分子动力学与耗散粒子动力学有何区别？哪个更适合模拟聚合物共混相容性问题？谢谢！

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-5-23 12:24:48

DPD可以看作是粗粒化中的粗粒化，具体要看你研究的问题了

万年流星 · 发表于 Post on 2019-5-23 16:39:01

fhh2626 发表于 2019-5-23 12:24
DPD可以看作是粗粒化中的粗粒化，具体要看你研究的问题了

请问哪个更适合研究聚合物共混相容性呢？

LOSER · 发表于 Post on 2019-7-9 11:38:10

粗粒化分子动力学和耗散粒子动力学的区别在哪里呢

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-10 20:42:34

LOSER 发表于 2019-7-9 11:38
粗粒化分子动力学和耗散粒子动力学的区别在哪里呢

首先，DPD的运动方程和粗粒化都不一样。一般说的粗粒化还是基于牛顿方程，而DPD自有一套方程，你看一下DPD相关资料就知道

huangjin · 发表于 Post on 2020-4-2 12:38:35

对于粗粒化和DPD的差异个人理解如下：1、DPD在参数设置方面比粗粒化麻烦，特别是相互作用参数计算，如果相互作用参数计算错误会导致整个结果错误，而粗粒化不需要计算这些内容，直接对每个珠子设置相应的maritni力场或者其他力场；2、对于模拟体系密度，DPD相对比较固定，而粗粒化可以模拟不同密度，比如说油和水同时模拟时各体系的密度就是不同的；3、粗粒化更像是在联合原子理论上进行了进一步的分子精简。以上是个人的一点理解，个人更倾向于粗粒化技术，因为DPD相互作用参数计算起来比较麻烦。

dinghongming · 发表于 Post on 2020-4-7 20:10:58

DPD和粗粒化分子动力学（CGMD）的相同点：
1. 两者都是基于牛顿运动方程；
2. 都采用了粗粒化的手段，将几个甚至几十个原子当作一个珠子；
两者区别：
1. DPD中非键相互作用采用的是软壳势（作用参数设置相对还是比较简单的，跟珠子溶解度相关），而CGMD中正常用的还是LJ和Coul,由于DPD中采用的时软壳势，往往积分步长可以取得比CGMD大很多；
2. DPD采用的是耗散力和随机力进行控温（不需要额外控温方法），而CGMD正常用的是Nose-hoover或者Beredsen或者Langevin进行控温；
3. DPD模拟往往保持盒子体积不变，珠子数密度一般取3，CGMD既可以做NVT也可以做NPT；
DPD方法具体可参考Groot在1997年发表的综述【JCP, 107, 4423-4435 (1997)】.
另外，根据我的经验，描述聚合物间相互作用或相分离用DPD方法非常合适，这方面文章有很多。

abicaizhan · 发表于 Post on 2020-8-20 17:44:03

楼上是正解。pls:DPD模拟基本上只考虑珠子之间的排斥力，这个排斥力是依据聚合物之间溶解度参数来的，所以一般研究聚合物体系的居多。但是难点是怎么来粗粒化聚合物的珠子，且粗粒化后体系的精度和实际的差异如何都需要细细考量

lixiao · 发表于 Post on 2024-9-26 10:15:37

dinghongming 发表于 2020-4-7 20:10
DPD和粗粒化分子动力学（CGMD）的相同点：
1. 两者都是基于牛顿运动方程；
2. 都采用了粗粒化的手段，将 ...

DPD 模拟就只能是数密度为3，用nvt体系吗？不能换密度或者npt吗？真诚想知道答案啊
感谢感谢啊

lixiao · 发表于 Post on 2024-9-26 10:16:38

另外，DPD模拟必须的设置原子的vest属性吗

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