离线版ligpargen遇到计算慢，以及判断元素出错的问题

a9471163

各位老师，我在centos 7.6虚拟机下使用官方教程即https://github.com/Isra3l/ligpargen 安装了离线版ligpargen，用官方建议的命令，即python -m unittest test_ligpargen/test_ligpargen.py测试了安装情况，提示全部成功。随后，开始正式使用以便产生oplsaa力场的拓扑文件。

然而，正式使用时，出现奇怪的报错，我明明用conda安装了openbabel3.1.0，（这种安装方法也是官方教程上写的），但ligpargen提示我没有安装openbabel，报错如图1，想请教一下这是为什么？


随后，迫于无奈，我卸载了openbabel 3.1.0，并在base环境下用sob老师推荐的方法，即http://sobereva.com/440安装了旧版openbabel 2.3.2，此时再运行ligpargen，不再提示没有openbabel了，但运行生成苯酚的拓扑时，这么简单的分子卡了半小时也没算完，log文件一直提示running BOSS


随后测试了一个氧化石墨烯的片段，是由7个苯环组成的，分子不大，但提示12号原子氧，价态是5的错误（用materials studio产生的mol文件和GaussView的mol2都是这个报错，分子结构已经上传 part2-gau.mol2 (2.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

2021-12-28 21:56 上传 Uploaded

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）， part2.mol (3.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

2021-12-28 21:58 上传 Uploaded

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，我检查了初始构型，明明12号原子是碳而不是氧，而且不是软件判断出来的5价。如图2。这种错误判断不知道是为什么呢，是openbabel版本不合适么。相同的mol分子提交给ligpargen在线服务器可以生成拓扑

sobereva

我没用过ligpargen离线版。程序可能中途对原子重新排序，所以导致你看到的那个不对应的问题

至于running BOSS卡住，你看看ligpargen离线版有没有设置可以避免程序自动做优化和原子电荷计算，不要求做这个的话理应一下就能完成

a9471163

sobereva 发表于 2021-12-29 02:51
我没用过ligpargen离线版。程序可能中途对原子重新排序，所以导致你看到的那个不对应的问题

至于running ...

感谢老师，ligpargen我测试过，在线版确实会重排原子序号；没有可以避免程序计算电荷的选项，可以让程序不优化结构。我结构没问题，同样的结构用在线版可以生成拓扑。离线版想用是因为想测一下离线版能不能生成大于200原子的拓扑，从而解除在线版对原子数的限制。
离线版软件判断说我的结构有价态为5的氧原子，应该是判断错误，目前正在排查，我个人还是怀疑openbabel没安好导致的

naoki

a9471163 发表于 2021-12-29 12:41
感谢老师，ligpargen我测试过，在线版确实会重排原子序号；没有可以避免程序计算电荷的选项，可以让程序 ...

请问您测试出来离线版能否处理大于200原子的拓扑呢~

fhh2626

既然openbabel都有3.1.x了你还装2.3干啥。。。

a9471163

naoki 发表于 2021-12-29 13:26
请问您测试出来离线版能否处理大于200原子的拓扑呢~

还没解决报错

a9471163

fhh2626 发表于 2021-12-29 13:53
既然openbabel都有3.1.x了你还装2.3干啥。。。

大佬您好。跟openbabel没关系，我在另一台超算安了openbabel3.1.X，并且是用anaconda安装的，这跟第一台超算安装openbabel2.3并且在base下安装形成对比，测试表明，part2这个结构仍然报相同的错误

补充说明。安装openbabel后，仍然提示openbabel未安装的问题已解决，但算例文件报错的问题未解决（同一个算例文件用ligpargen在线版可以生成拓扑，文件没问题）

fhh2626

a9471163 发表于 2021-12-29 14:58
大佬您好。跟openbabel没关系，我在另一台超算安了openbabel3.1.X，并且是用anaconda安装的，这跟第一台 ...

conda自带一个环境，感觉里面的东西跟外面的东西连接总是有问题

如果是卡在running BOSS的话你可以手动执行一下对应的命令，看看这一步BOSS是否报错

a9471163

fhh2626 发表于 2021-12-29 16:09
conda自带一个环境，感觉里面的东西跟外面的东西连接总是有问题

如果是卡在running BOSS的话你可以手 ...

感谢大佬，目前running boss卡住的问题解决了，就剩原子价态判断错这个现象仍然存在，不知道对此有什么可以尝试的办法么（已经尝试更换一个小分子，发现有的分子计算可以成功，但对于这个结构还是会把O判断成5价的）

zxs1127

你好，我按着github的教程一步安装，最后运行的时候出现这个错误，能帮我看下么，谢谢。
Traceback (most recent call last):
  File "/home/zxs/anaconda3/envs/py37/bin/ligpargen", line 33, in <module>
    sys.exit(load_entry_point('LigPargen', 'console_scripts', 'ligpargen')())
  File "/mnt/f/20.04/ligpargen/ligpargen/ligpargen.py", line 496, in main
    molname=args.molname, workdir= args.path, debug= args.debug)
  File "<string>", line 17, in __init__
  File "/mnt/f/20.04/ligpargen/ligpargen/ligpargen.py", line 190, in __post_init__
    self.workdir, self.debug)
  File "/mnt/f/20.04/ligpargen/ligpargen/tools/boss.py", line 208, in run
    shutil.copyfile('plt.pdb', pdbFile)
  File "/home/zxs/anaconda3/envs/py37/lib/python3.7/shutil.py", line 120, in copyfile
    with open(src, 'rb') as fsrc:
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'plt.pdb'

sun0615

zxs1127 发表于 2022-7-1 20:27
你好，我按着github的教程一步安装，最后运行的时候出现这个错误，能帮我看下么，谢谢。
Traceback (most  ...

https://github.com/Isra3l/ligpargen/issues/1
問題出在BOSS程序是compiled for 32 bits linux，且目前沒有釋出source code，
在64 bit linux下進到BOSS資料夾執行BOSS應該會出現
-bash: ./BOSS: No such file or directory

解決方式是安裝32 bits libraries，


--更新--
sudo yum install glibc.i686
sudo yum install glibc-devel.i686
sudo yum install libstdc++-devel.i686
安裝後測試正常

我們的服務器:
LSB Version:        :core-4.1-amd64:core-4.1-noarch
Distributor ID:        CentOS
Description:        CentOS Linux release 8.0.1905 (Core)
Release:        8.0.1905
Codename:        Core

tjuptz

请问您是获取的BOSS5.0还是网页中的4.9啊

tjuptz

以及卡在running BOSS问题是如何解决的呢？

chenzikang715

您好，请问我输入文件都在同一个目录下，ligpargen也能调用，为什么它说我input file does not exit

KCM@SHU

您好我想问一下用ligpargen生成的力场参数里面的LJ参数单位是什么呀？是Kcal/mol还是kj/mol呢？大家一般怎么判断lj参数的单位呢