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[GROMACS] 请问聚合物和碳纳米管复合物的分子动力学模拟使用什么软件和力场建模比较好呢?

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请问聚合物和碳纳米管复合物的分子动力学模拟使用什么软件和力场建模比较好呢?谢谢

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发表于 Post on 2024-6-2 19:30:27 | 只看该作者 Only view this author
GROMACS, GAFF力场
建模和力场是两码事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-6 22:07:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-2 19:30
GROMACS, GAFF力场
建模和力场是两码事

好的,非常感谢sob大佬。我是小白一个,还想问一下碳纳米管的拓扑文件可以直接生成,聚合物的拓扑文件是需要什么软件来构建吗?

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发表于 Post on 2024-6-6 22:34:29 | 只看该作者 Only view this author
李小泽 发表于 2024-6-6 22:07
好的,非常感谢sob大佬。我是小白一个,还想问一下碳纳米管的拓扑文件可以直接生成,聚合物的拓扑文 ...

https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/polymers

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发表于 Post on 2024-6-7 00:04:39 | 只看该作者 Only view this author
李小泽 发表于 2024-6-6 22:07
好的,非常感谢sob大佬。我是小白一个,还想问一下碳纳米管的拓扑文件可以直接生成,聚合物的拓扑文 ...

sobtop就能构建,看http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的专门的聚合物的例子和讨论
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-7 14:39:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-7 00:04
sobtop就能构建,看http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的专门的聚合物的例子和讨论

好的,谢谢sob大佬,我去学习一下

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发表于 Post on 2024-9-29 14:19:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-2 19:30
GROMACS, GAFF力场
建模和力场是两码事

sob老师好,请问该力场相对于其他力场模拟碳纳米管和聚合物相互作用的优势是什么呢?
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发表于 Post on 2024-9-30 01:30:10 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2024-9-29 14:19
sob老师好,请问该力场相对于其他力场模拟碳纳米管和聚合物相互作用的优势是什么呢?

GAFF不是唯一选择,但也没有其它专门面向纳米管和聚合物的力场(和GAFF同档次且GROMACS能用的范畴里)。因此没理由不优先考虑流行度极高的GAFF,何况还能通过sobtop便利地创建基于GAFF的拓扑文件
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