NPT过程二氧化硅固体发生弯曲

zhangfaxue · 发表于 Post on 2024-9-29 17:38:48

如图建立油滴在二氧化硅表面吸附的模型，空白部分为水相，二氧化硅固体界面建立方式，使用二氧化硅晶胞用MS扩胞建立带真空的盒子然后把建立的油滴放上去，再用gromacs插入水分子。NPT结束后发现二氧化硅出现弯曲现象，查阅资料发现可以通过建立周期性结构的无限体系可以解决，请问（1）如何建立周期性结构的无限体系？上述我的建模方式二氧化硅属于周期性结构的无限体系吗？（2）发生弯曲是力场设置有问题还是建模的原因？（3）二氧化硅固相表面羟基化了，希望表面可以与油水分子发生相互作用但是下面固定应该怎么实现？（3）可视化发现上面显示了部分固相和油水，是显示方式原因造成的吗，怎么让他不显示？
原始模型：

NPT结束：

查阅资料：

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-30 02:19:20

在确保SiO2的力场、原子电荷、拓扑信息合理的前提下，可以对板进行位置限制

周期性的拓扑文件的创建方式参考http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的例子

zhangfaxue · 发表于 Post on 2024-9-30 11:23:08

sobereva 发表于 2024-9-30 02:19
在确保SiO2的力场、原子电荷、拓扑信息合理的前提下，可以对板进行位置限制

周期性的拓扑文件的创建方式 ...

老师那显示的时候如上图所示，有部分固体从盒子上面显示了，我怎么处理让他不显示呢？我处理完现在固相不会发生弯曲但是盒子上面会显示部分固相

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-30 11:56:29

zhangfaxue 发表于 2024-9-30 11:23
老师那显示的时候如上图所示，有部分固体从盒子上面显示了，我怎么处理让他不显示呢？我处理完现在固相不 ...

显示问题，trjconv结合-translate平移一下体系就完了

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[GROMACS] NPT过程二氧化硅固体发生弯曲