用2019.6 版本gromacs进行拉动C60球和蛋白相互碰撞的仿真报错

MrWang

; Pull code
pull                              = yes
pull_ncoords                 = 1         ; only one reaction coordinate
pull_ngroups                 = 2         ; two groups defining one reaction coordinate
pull_group1_name         = C60
pull_group2_name         = Chain_A
pull_coord1_type           = umbrella  ; harmonic potential
pull_coord1_geometry    = distance  ; simple distance increase
pull_coord1_dim            = N Y N
pull_coord1_groups        = 1 2
pull_coord1_start           = yes       ; define initial COM distance > 0
pull_coord1_rate            = 0.01      ; 0.01 nm per ps = 10 nm per ns
pull_coord1_k                = 1000      ; kJ mol^-1 nm^-2

ERROR 1 [file md_pull.mdp]:
  When the maximum distance from a pull group reference atom to other atoms
  in the group is larger than 0.5 times half the box size a centrally
  placed atom should be chosen as pbcatom. Pull group 2 is larger than that
  and does not have a specific atom selected as reference atom.

求各位大佬告知

白也

周期性问题，间隔距离不要超过0.5倍盒子长度

QYQ

白也 发表于 2021-4-28 14:58
周期性问题，间隔距离不要超过0.5倍盒子长度

请问这个具体应该怎么做，增大盒子吗

白也

QYQ 发表于 2024-9-28 14:47
请问这个具体应该怎么做，增大盒子吗

对的