VASP分子动力学ICONST怎么直接设置原子坐标作为变量

yxzinc · 发表于 Post on 2023-7-28 11:06:06

通过ICONST文件指定原子间的距离或者角度，作为collective variable，可以做各种增强采样方法研究反应，这个没问题。
但我目前单纯想要让某个原子沿着z轴方向走，看vasp的Wiki似乎可以设置坐标（flag=X, Y, and Z； cX, cY, and cZ）作为变量，但我试了下，在ICONST里设置：cZ 7 0，感觉像是把7号原子的z坐标作为变量了，但似乎不行，vasp跑了一个离子步就终止了，是不是我的理解有问题，不是这么设置的

deng111 · 发表于 Post on 2023-8-14 14:44:44

您好，如果体系中有真空层或许可以参考文献J.Am.Chem. Soc. 2022, 144, 17140−17148，图S1中提到的方法。另外，请问，您是否已有设置坐标的思路。

yxzinc · 发表于 Post on 2023-8-14 20:05:11

deng111 发表于 2023-8-14 14:44
您好，如果体系中有真空层或许可以参考文献J.Am.Chem. Soc. 2022, 144, 17140−17148，图S1中提到的方 ...

巧了，一开始就是学习的这篇文章里的方法

在POSCAR里明明固定了氦原子，设置好坐标一跑，氦原子也跟着动了，不明白什么原因

deng111 · 发表于 Post on 2023-8-15 15:30:11

cX 61 0.62247 0 。我参照你的方法试了下，加不加最后的0似乎都可以跑，但是跑的方向反了

yxzinc · 发表于 Post on 2023-8-16 17:07:37

deng111 发表于 2023-8-15 15:30
cX 61 0.62247 0 。我参照你的方法试了下，加不加最后的0似乎都可以跑，但是跑的方向反了

你好请问0.62247是什么参数啊

deng111 · 发表于 Post on 2023-8-17 11:06:39

终态的分数坐标，加了看他会不会跑到目标坐标上，不过似乎是失败的

yxzinc · 发表于 Post on 2023-10-16 20:33:11

更新，问题解决。最近想到这个问题又试了下，发现设置笛卡尔坐标cX、cY、cZ没用，提示没有这个flag，换成分数坐标X、Y、Z一切正常，结果符合预期！感觉是我的vasp版本问题？

zzyzz · 发表于 Post on 2024-10-8 11:11:57

yxzinc 发表于 2023-10-16 20:33
更新，问题解决。最近想到这个问题又试了下，发现设置笛卡尔坐标cX、cY、cZ没用，提示没有这个flag，换成分 ...

您好想问一下，具体是怎么解决的，我按照您说的试了一下发现还是不行，需要在计算中移动的原子一直不发生移动

Weldingspock · 发表于 Post on 2024-10-8 13:50:42

VASP做这种限制性动力学太不好用了，所以我一般都是CP2K+PLUMED来解决

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