计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9520|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CASTEP/Dmol3/MS] 关于DMol3中色散校正的选择

[复制链接 Copy URL]

6

帖子

0

威望

95

eV
积分
101

Level 2 能力者

本人使用DMol3模块选择的Grimme色散校正中因缺少元素的校正参数而不能进行计算,请问可以查到相关校正参数然后手动输入进行计算吗?
另外相对于Grimme色散校正,TS色散校正存在什么缺点,什么情况下可以替代使用
恳请各位老师的帮助

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112353

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2020-12-2 23:00:36 | 只看该作者 Only view this author
Dmol3不思进取,DFT-D3出来10年了都不加进去
支持的TS、DFT-D2(即这里的Grimme)都是早已过时的东西,已经到了容易挨审稿人批的地步了,多数情况精度不如DFT-D3,支持的元素还少
换个支持DFT-D3或D4的程序就解决了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

175

帖子

0

威望

3265

eV
积分
3440

Level 5 (御坂)

3#
发表于 Post on 2020-12-3 16:32:15 | 只看该作者 Only view this author
可以用ASE给dmol3加上D3的计算

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
卡开发发 + 3 我很赞同

查看全部评分 View all ratings

279

帖子

2

威望

4422

eV
积分
4741

Level 6 (一方通行)

打脸只许打一次

4#
发表于 Post on 2020-12-3 19:29:40 | 只看该作者 Only view this author
ghifi37 发表于 2020-12-3 16:32
可以用ASE给dmol3加上D3的计算

这个怎么操作的?请告知下,我组里面有几个人用dmol3。虽然我用的vasp

175

帖子

0

威望

3265

eV
积分
3440

Level 5 (御坂)

5#
发表于 Post on 2020-12-3 22:53:17 | 只看该作者 Only view this author
wypkdhd 发表于 2020-12-3 19:29
这个怎么操作的?请告知下,我组里面有几个人用dmol3。虽然我用的vasp

ASE是个python软件,可以用pip install ase安装。然后通过ASE的教程学习一下怎么编程,大体思路是给你的atoms设置一个calculator,这个calculator采用dmol,然后套接一个dftd3的wrapper;接着指定优化器就可以用了。好像dftd3要自己放到$PATH里面。

6

帖子

0

威望

95

eV
积分
101

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-4 11:14:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-2 23:00
Dmol3不思进取,DFT-D3出来10年了都不加进去
支持的TS、DFT-D2(即这里的Grimme)都是早已过时的东西,已 ...

很感谢sob老师的回答

6

帖子

0

威望

95

eV
积分
101

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-4 11:18:31 | 只看该作者 Only view this author
ghifi37 发表于 2020-12-3 22:53
ASE是个python软件,可以用pip install ase安装。然后通过ASE的教程学习一下怎么编程,大体思路是给你的a ...

十分感谢,我去探索一下操作流程

279

帖子

2

威望

4422

eV
积分
4741

Level 6 (一方通行)

打脸只许打一次

8#
发表于 Post on 2020-12-4 17:50:04 | 只看该作者 Only view this author
ghifi37 发表于 2020-12-3 22:53
ASE是个python软件,可以用pip install ase安装。然后通过ASE的教程学习一下怎么编程,大体思路是给你的a ...

万分感谢,虽然完全听不懂。

1万

帖子

0

威望

7393

eV
积分
18146

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2020-12-4 19:52:07 | 只看该作者 Only view this author
wypkdhd 发表于 2020-12-4 17:50
万分感谢,虽然完全听不懂。

如果不会python的话,先学python;如果会python的话,去看ASE的文档。
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

279

帖子

2

威望

4422

eV
积分
4741

Level 6 (一方通行)

打脸只许打一次

10#
发表于 Post on 2020-12-5 17:09:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-4 19:52
如果不会python的话,先学python;如果会python的话,去看ASE的文档。

收到,谢谢!

19

帖子

0

威望

41

eV
积分
60

Level 2 能力者

11#
发表于 Post on 2024-10-8 17:41:18 | 只看该作者 Only view this author
ghifi37 发表于 2020-12-3 16:32
可以用ASE给dmol3加上D3的计算

CASTEP中可以加入DFT-D3的计算吗

175

帖子

0

威望

3265

eV
积分
3440

Level 5 (御坂)

12#
发表于 Post on 2024-10-8 23:23:48 | 只看该作者 Only view this author
zhaoquanyou 发表于 2024-10-8 17:41
CASTEP中可以加入DFT-D3的计算吗

可以

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 16:41 , Processed in 0.183070 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list