PYMOL如何计算螺旋之间的角度吗

1154975925 · 发表于 Post on 2024-9-26 10:30:30

这个是同一蛋白质模拟前后的B-H7螺旋，我输出了模拟最后5ns平均原子坐标的PDB文件，与未模拟的PDB文件做对比。

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-26 13:28:55

https://pymolwiki.org/index.php/AngleBetweenHelices

But I think if you use the Bendix plugin in VMD instead, you can get more information. https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/bendix/

1154975925 · 发表于 Post on 2024-9-26 15:49:55

student0618 发表于 2024-9-26 13:28
https://pymolwiki.org/index.php/AngleBetweenHelices

But I think if you use the Bendix plugin in V ...

老外？
感谢

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-26 16:03:08

我是本科用英语学，用英语回比较快啦，电脑也没装中文输入法要换手机才能写中文。最近是有被指导老师建议多练习用中文，方便和国内老师同学合作交流了。

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-26 22:34:14

VMD的bendix插件专门干这个，还可以给出各个残基的定量数据
一段轨迹的原子坐标取平均通常没意义，可能得到严重扭曲的结构，还不如做簇分析取最有代表性的一帧分析，或者对每帧都统计角度然后再取平均

1154975925 · 发表于 Post on 2024-10-8 16:51:44

sobereva 发表于 2024-9-26 22:34
VMD的bendix插件专门干这个，还可以给出各个残基的定量数据
一段轨迹的原子坐标取平均通常没意义，可能得 ...

可是如何定义具有代表性的一帧呢，Therefore, the su-
perposition with the straight structure is based on the average
structure of GDP-tubulin, where the averaging was per-
formed using the last 5 ns of data of the equilibrated MD
simulation. 这个是论文里的原话，所以我当时的想法是他对模拟最后5ns的数据提取进行平均。

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-8 22:18:36

还不如做簇分析取最有代表性

sob老师的回帖已经写了哦，仔细逐字多看一遍。用簇分析Clustering analysis。

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