在进行刚性扫描时怎么把两个分子变成刚性的不变的

chuan437 · 发表于 Post on 2024-10-9 11:36:23

本帖最后由 chuan437 于 2024-10-9 11:38 编辑

各位老师好，
在社长的论文Carbon, 171, 514-523 (2021) DOI: 10.1016/j.carbon.2020.09.048中，有一个关于两个碳环位置扫描的图（如附件所示）。
我也想做一个类似的扫描，请问怎么在扫描时把两个碳环变成刚性的，只改变碳环之间的距离。
比如第一个图扫描碳环垂直距离的，我现在能想到在碳环中间加一个虚原子，但是我在扫描时改变虚原子距离时，发现只有虚原子位置变化了，而碳环不动。我这个方法有很大的问题。请问如何解决。谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-9 13:36:57

自己写shell脚本得到一系列位移后的结构。可以在循环里调用Multiwfn按下文的方法得到某个片段平移后的结构并产生gjf文件
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

之后批量执行、用grep批量提取结果

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