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[GROMACS] 求助gromacs动模拟多金属氧酸盐在乙腈溶剂中的扩散系数的建模

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楼主
   最近打算模拟多金属氧酸盐在乙腈溶剂中的扩散系数 但是在参数设置上不知道如何确定溶剂分子 溶质分子 以及 支持电解质的数目?也不是很确定盒子的大小
   实验文章中的细节如下:1 mM V6O7(OCH3)12 with 100mM [NBu4][PF6] in MeCN                          

  以及在未来的研究中 如何根据实验中所给浓度的比例 确定 相关参数的设置? 以及盒子的大小与所研究的问题是否相关?





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发表于 Post on 2022-10-27 06:39:13 | 只看该作者 Only view this author
根据高中化学知识,估计出每个V6O7(OCH3)12需要对应多少[NBu4][PF6]和MeCN,用packmol根据数目比例构建盒子。通常盒子边长至少几个nm。可以5nm左右,一般够大了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-27 08:38:25 | 只看该作者 Only view this author
好滴 感谢sob老师回帖 我这就去对应一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-27 15:12:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-27 06:39
根据高中化学知识,估计出每个V6O7(OCH3)12需要对应多少[NBu4]和MeCN,用packmol根据数目比例构建盒子。通 ...


sob老师 暂时没有找到该溶液的密度 是否可以在1L的溶液中 将溶剂约等于1L去求他们三个的个数比 在等比例缩小从而确定他们的相应个数呢

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发表于 Post on 2022-10-28 06:28:45 | 只看该作者 Only view this author
果果123 发表于 2022-10-27 15:12
sob老师 暂时没有找到该溶液的密度 是否可以在1L的溶液中 将溶剂约等于1L去求他们三个的个数比 在等比 ...

可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-28 15:40:51 | 只看该作者 Only view this author

好滴 感谢sob老师

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发表于 Post on 2024-10-11 11:02:15 | 只看该作者 Only view this author

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