求助 在计算频率的时候出现了比较小的虚频 求教怎么消除虚频

逝去难追

这是我的INCAR   

飞翔的猪

虚频一定程度可以判断结构是否稳定，但是虚频跟软件积分有关系，分子振动一般低于100cm-1可以忽律，具体可以见电子书：learn vasp  the hard way

granvia

飞翔的猪 发表于 2019-5-22 14:04
虚频一定程度可以判断结构是否稳定，但是虚频跟软件积分有关系，分子振动一般低于100cm-1可以忽律，具体可 ...

低于100cm-1??  第一性原理的计算，大家的要求都这么低吗？

逝去难追

飞翔的猪 发表于 2019-5-22 14:04
虚频一定程度可以判断结构是否稳定，但是虚频跟软件积分有关系，分子振动一般低于100cm-1可以忽律，具体可 ...

我回头看了大师兄关于计算频率和零点能的教程 但是没看到关于这个的省略 可以说下是哪一节吗

逝去难追

飞翔的猪 发表于 2019-5-22 14:04
虚频一定程度可以判断结构是否稳定，但是虚频跟软件积分有关系，分子振动一般低于100cm-1可以忽律，具体可 ...

还有 计算零点能可不可以像这样忽略虚频呢？

cokoy

逝去难追 发表于 2019-5-23 19:33
我回头看了大师兄关于计算频率和零点能的教程 但是没看到关于这个的省略 可以说下是哪一节吗

Ex26 乙醇分子的频率计算（四)

granvia

cokoy 发表于 2019-5-23 21:19
Ex26 乙醇分子的频率计算（四)

不敢苟同。那个教程很不严谨（请跟给小于50或100cm-1虚频可无视的文献出处）。首先，虚频的单位不是cm-1，而是cm-1乘以虚数单位i，因为此时该振动谐振子的力常数是负值（即回复力方向相反，对应于能量极大值点）。其次，请问该振动模式的频率应该按多少来算？ 如果认为频率低于50cm-1，很小为零，那么好，我们知道，频率越低越趋于零，相应的配分函数将会越趋于无穷大，振动熵也会趋于无穷大，这合理吗？

cokoy

granvia 发表于 2019-5-24 00:05
不敢苟同。那个教程很不严谨（请跟给小于50或100cm-1虚频可无视的文献出处）。首先，虚频的单位不是cm-1 ...

按照教程的意思应该较小的虚频是数值积分带来的，不是体系本身有的，所以可以忽略。
我只是个搬运工，欢迎各位大佬来给个准确的答案。

granvia

cokoy 发表于 2019-5-24 08:59
按照教程的意思应该较小的虚频是数值积分带来的，不是体系本身有的，所以可以忽略。
我只是个搬运工，欢 ...

搬运工如果只搬运不思考，跟微信大妈有啥区别？我不是说不能去学网上的教程，而是应该采取比较谨慎的存疑态度，起码要知道那些说法的文献出处吧。更可气的是自信满满地以讹传讹。

卡开发发

收敛标准合适的情况下，我觉得比较可能的三个来源：

1、势能面比较复杂，有限差分方法计算声子时的数值微分误差；
2、FFT网格的密度不足够高造成的数值积分误差，从而引起力计算偏差，因此导致Hessian不可靠；
3、周期性边界条件导致相邻晶格分子的相互作用，因此要对镜像偶极作用进行修正，并采用足够大的格子。

除了从上述三点考虑，可以试着投影将转动模式投影掉（如doi: 10.1063/1.438959），但具体那些程序实现我不太清楚，也许ase可以做。

灰天皮匠

granvia 发表于 2019-5-24 00:05
不敢苟同。那个教程很不严谨（请跟给小于50或100cm-1虚频可无视的文献出处）。首先，虚频的单位不是cm-1 ...

想请问一下，是不是过渡态虚频低于50(cm-1*i)的通常被忽略，而非过渡态的结构优化，就要求没有虚频。
此外也想提一句，大师兄网站是给入门vasp的新手准备的，而化学专业的学生大多数人也就只有结构化学的基础，很多DFT计算里面的概念只能对着google查。学软件的同时再看文献，老板不会培养那就真的是瞎算。

sobereva

分子计算，50、100的虚频根本不能随随便便忽略，除非对自己的数据根本不负责任。

1 一方面这已经可能意味着结构合理度差，之后算的能量等也都不准。没有虚频是结构处于极小点的必要而非充分条件。
2 此外，各个实频都对热力学校正量有贡献（公式看http://sobereva.com/315），该有的频率没有，而且低频模式对于熵、升温造成的内能增加等都贡献非常显著，怎么能没有前提就随随便便忽略？（尤其是算温度不低时候的热力学量，那就更造成严重问题了）。
有虚频直接无视，审稿人要是知道了肯定也不会放过（即便不提虚频情况，可能审稿人也会让你在文章当中进行说明，到时候还得重算）。

我没看过那个电子书，具体表述我不知道，但我强烈认为，越是给新人看的，由于受众群体大，读者缺乏判断能力，在很多问题的表述上就更得严谨，免得初学者以后计算一直都带着错误的观念、看法，甚至一些不确切的观点还传播开来，这是很危险的。如果说有什么rule of thumb私货，那也得给个能基本说得通的解释，否则到时候等数据都算完了，要发文章了，碰见严谨的审稿人被问得没法回复，道理上说不通，也找不到文献支持，到时候就麻烦大了，数据还得重算，或者文章最终根本发不出去。即便数据不是用于发表的，但不搞清楚异常的来源，自己敢用那数据？这绝对不是合格的科研工作者的作风。
可能有些初学者觉得，能算出个结果就完了，有一些异常也可以无视掉，无关大碍，不必较真。但别忘了，这些异常到最后都是内行审稿人写comment的素材，要是没comment可写审稿人往往还觉得自己缺乏存在感，那些专业审稿人绝对不是随随便便就能糊弄过去的，人家不会随便去信作者说什么“我觉得...可以接受”，要是回复“...我也不清楚...怎么进行的”下场更自不必说。

granvia

灰天皮匠 发表于 2019-5-25 17:41
想请问一下，是不是过渡态虚频低于50(cm-1*i)的通常被忽略，而非过渡态的结构优化，就要求没有虚频。
此 ...

过渡态必须有且只有一个虚频。何来忽略之说？

卡开发发

其实我觉得比较莫名其妙的地方还是为啥要区分分子振动和固体振动，还要构造两种不同的标准，如果虚频值正好105 i cm^-1呢。最好先看看振动模式，如果虚频对应整体的平动或转动可能不是简单的构型优化问题：

简单来说，（如平面波那样不得不）用周期性边界条件的情况，无论是边界条件还是FFT网格本身会破坏一些旋转不变性（直观来说，你可以试试看，把盒子里面分子分别转动不同的角度分别建立超晶格，得到的超晶格并不是等价的），从而形成那种受阻转动引起虚频，只有格子足够大和格点足够密才能削弱这样的效应，因此通常情况下这些量的收敛性测试尤为重要。这里，也能看到平面波的好处，总可以通过控制动能截断和密度截断使得关注的物理量收敛。即便在非周期边界下，其实网格密度不充分也会破坏旋转不变性，http://sobereva.com/69的第6节是很好的例子，这些在原理上都是类似的。

“In practice, numerical inaccuracy leads to nonzero translational and rotational eigenvalues. These can be made identically zero by a projection……”（doi: 10.1007/s00214-001-0317-7），如果有特定修正方法一定程度上可以减少格子尺寸和格点密度的需求。

飞翔的猪

sobereva 发表于 2019-5-27 04:02
分子计算，50、100的虚频根本不能随随便便忽略，除非对自己的数据根本不负责任。

1 一方面这已经可能意 ...

sob老师 ，打扰您了，我想请问一下：vasp进行零点能校正计算的时候，对于虚频为多少才可以忽略。

vasp和高斯是不是对于虚频的要求不一样。