我尝试跑多种分子（或离子）构成的混合团簇，在能量最小化（em）那一步就崩溃

wanlichuan

我是用sobtop产生各种分子的itp，然后进行组合得到混合团簇的top。各种分子的itp文件都是采用sobtop主页（http://sobereva.com/soft/Sobtop/）例2的方法产生的。事先都用Gaussian/B3LYP/6-31G*优化到稳定结构，均指认了GAFF原子类型，LJ参数和成键相关参数都是GAFF力场的，在屏幕上没有提示有任何bond、angle、dihedral参数缺失，也添加了RESP2(0.5)原子电荷。任何一种分子做成多分子团簇跑em都很快收敛（5步之内），但是任何两种分子混合团簇跑em都是3步即崩溃。

除中性分子混合团簇之外，我还尝试了带电荷的阴阳离子的混合团簇（如四丁基氨阳离子和氯离子各两个构成的混合团簇，相关文件已上传），也有同样的问题。

请高手指教。谢谢。

lyj714

top中为什么要用gromos54a7，这个根本和sobtop生成的拓扑不是兼容的。

wanlichuan

粗心了，用的以前的模板，这个忘了注释掉。另外[ defaults ]参数也忘了修改。多谢大佬指点