packmol建模后npt，原子坐标消失

L4Bo2

用packmol建模，模型有三种原子，固定了2，3种原子后，对整个体系弛豫，弛豫后2，3种原子的坐标显示都为0，这算是为什么，这是in文件

我用packmol建了一个三元体系，后面nve/limit或npt弛豫后，第2，3种原子在write_data出的坐标文件中位置都为0，in文件这样 echo screen units   metal boundary        p p p atom_style      atomic read_data       042 #mass   1 56 #mass   2 48 #mass   3 16 #pair_style     soft 2.5 #pair_coeff     * * 5.0 pair_style      eam/alloy pair_coeff      * * FeTiO.lammps.EAM Fe Ti O timestep        0.001 thermo  100 group   a type 1 group   b type 2 3 fix     1 all nve/limit 0.5 run     100000 every 1 "set group b vx 0.0 vy 0.0 vz 0.0" unfix   1 #fix    1 all npt temp 2500 2500 0.1 iso 0.0 0.0 10.0 #run    100000 every 1 "set type 2*3 vx 0.0 vy 0.0 vz 0.0" #unfix  1 write_data      043 坐标文件

WB1040720479

不固定的话结果是什么样鸭？另外你是怎么实现固定的？

L4Bo2

WB1040720479 发表于 2020-9-8 11:38
不固定的话结果是什么样鸭？另外你是怎么实现固定的？

不固定不会出现坐标为0的情况，固定方法试了几种，对原子分组，对不固定的原子进行弛豫：或者用set设置速度为0，都会出现坐标为0的现象。

L4Bo2

文件里坐标显示为0，但用ovito打开后原子并没有移动，这是视为是什么啊