计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 391|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助gromacs2020.6+amber14sb的SMD力的大小计算

[复制链接 Copy URL]

15

帖子

0

威望

286

eV
积分
301

Level 3 能力者

各位老师好,我在仿照图1文章的操作将https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8301328/中的namd+charmm22改换至gromacs2020.6+amber14sb重复F = k(vt − Δx)
仿照文章的拉伸参数进行操作时可以成功将配体沿x轴正方向拉出(图2),但是没能重复文章中类似AFM实验一样的力曲线(图3),在我的计算当中拉力在10ns内一直上升(图4),但实际上大约2-3ns就配体和受体已经脱离了,想请教我的输入文件设定是否有问题?

202410170939043774..png (137.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

202410170939043774..png

202410170940463184..png (284.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

202410170940463184..png

202410170943014479..png (191.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

202410170943014479..png

202410170943265144..png (20.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

202410170943265144..png

NVE-3.mdp

3.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-18 06:32 , Processed in 0.168562 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list