计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 49|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助计算表面活性剂的界面形成能时报错

[复制链接 Copy URL]

29

帖子

0

威望

255

eV
积分
284

Level 3 能力者

大家好,我做表面活性剂在油水界面上的分子动力学模拟。我的体系是油水油模型,我想算界面形成能IFE,需要算一个表面活性剂在真空中的能量Esurfactant,但是算这个的时候会报错。
我先用Packmol构建模拟盒子,里面只放一个表面活性剂,但是出来的模型是表面活性剂在盒子外面,如下图1。然后我就用editconf直接在GROMACS定义盒子,这次表活在盒子里,如下图2。
然后做了能量最小化和nvt模拟,接着跑md,但是md跑到一半就会报错,报错如下图3。
附上我的em、nvt和md的mdp文件。
后来我又按照科音培训班课件讲的真空模型得把md.mdp文件里所有关于压力的设定删掉,然后用了培训班卢老师给的em.mdp文件(把integrator =cg改成steep,因为我们实验室的显卡不支持双精度),跑了以后还是同样的报错。

想请教一下各位大佬这个报错是因为什么啊?

图1.png (13.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图1

图1

图2.png (30.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图2

图2

图3.png (44.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图3

图3

nvt.png (60.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

nvt.mdp

nvt.mdp

md.png (53.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

md.mdp

md.mdp

em.png (49.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

em.mdp

em.mdp

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112353

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-10-23 14:36:25 | 只看该作者 Only view this author
选择cg还是steep,跟双精度没关系。并且没有市售的GPU只支持单精度,只不过是双精度性能的强弱问题

你贴的mdp根本就不是我课上给的

没事别自己改fourierspacing,我课上提供的mdp从来没有自定义这个的

培训里明确说了,体系里有真空区时别用dispcorr

nvt.mdp总共才50000步,报错截图根本就不对应这个模拟


拓扑文件也不提供,没法判断更多信息
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 11:58 , Processed in 0.187971 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list