cp2k进行cell_opt输出的pdb文件如何查看原子的运动过程求助

一起去吃烤肉吗 · 发表于 Post on 2024-10-29 15:32:42

大佬们求助，我刚开始学习cp2k，试着做了一个Ti2CO2的cell_opt模拟，输出的pdb文件用vmd打开只有优化后的结果，无法看到原子运动过程。
求助：结果输出的pdb文件要如何能看到原子的运动过程，如果pdb文件无法看到运动过程的话，需要在输入文件里加入什么指令可以输出演示原子运动过程的结果文件？附件是输入的inp，模型的cif，以及结果的pdb文件。

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-30 02:29:06

你这是多帧的pdb文件，载入VMD就等于载入了轨迹，点击播放按钮播放就完了

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里我讲VMD使用的幻灯片：

一起去吃烤肉吗 · 发表于 Post on 2024-10-30 13:03:40

嗯，看得到运动过程了，谢谢sob老师

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[CP2K] cp2k进行cell_opt输出的pdb文件如何查看原子的运动过程求助