Sobtop基于Hessian推导得到的力场参数能否转换到lammps使用？

OsakiNana · 发表于 Post on 2024-1-24 19:30:35

如题，我的体系是金属有机物杂化体系，用Sobtop基于Hessian得到混合力场参数，再用gro2lam转换得到lammps输入文件。但是在lammps计算时基本跑不了几步就出现这个报错（ERROR on proc 22: Bond atoms 61 63 missing on proc 22 at step 97 (src/ntopo_bond_all.cpp:59)），如果我不考虑Hessian，用sobtop得到的GAFF和UFF混合力场，通过gro2lam转换，是能用lammps跑的。感觉问题是出在了Hessian得到的力场参数上，gro2lam可能没有正确转换。求教有没有解决办法，或者我手动转换要怎么做呢？

ilovelr · 发表于 Post on 2024-1-25 21:49:24

从你的贴图看，感觉是参数不合理。先能量最小化看看结构有没有发生较大的变化。
gro2lam我用过感觉并不好用，经常出错。直接手动把GAFF/UFF的力场参数改成sobtop得到的力场参数不就行了吗。

OsakiNana · 发表于 Post on 2024-1-26 15:22:29

ilovelr 发表于 2024-1-25 21:49
从你的贴图看，感觉是参数不合理。先能量最小化看看结构有没有发生较大的变化。
gro2lam我用过感觉并不好 ...

不是GAFF/UFF参数的问题，是sobtop基于Hessian推导得到的力场参数，gro2lam转换有问题，我尝试手动改，还是报错

zhou9527 · 发表于 Post on 2024-12-5 16:22:46

老师您好！请问导入gro和top文件autoload后提示没有在top中找到bond_type;angle_type和dihedral_type是怎么回事呢？然后如果指定了itp，会提示itp中没有bond_type；angle_type和dihedral_type

OsakiNana · 发表于 Post on 2024-12-16 16:11:24

zhou9527 发表于 2024-12-5 16:22
老师您好！请问导入gro和top文件autoload后提示没有在top中找到bond_type;angle_type和dihedral_type是怎么 ...

这些我也没解决，只能转换完，一个个检查。

zhou9527 · 发表于 Post on 2024-12-17 19:39:11

OsakiNana 发表于 2024-12-16 16:11
这些我也没解决，只能转换完，一个个检查。

好的，好的，谢谢

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[Lammps] Sobtop基于Hessian推导得到的力场参数能否转换到lammps使用？

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