求教关于gromacs转lammps的工具gro2lam（原题目为intermol）的使用问题

Embers · 发表于 Post on 2024-4-7 22:43:45

本帖最后由 Embers 于 2024-4-8 22:00 编辑

更新

我已经安装了gmx2lam，但是我遇到一个问题，我只用gro和top文件是否可以转化？我试了试好像不行。提示我需要输入forcefiled，bonded，non-bonded的文件。但是我想这些参数已经包含在top文件里了。
我点击“press to autoload”后，提示的error是诸如“Force filed files #include not found！”的内容。我需要怎么做才能避免这些报错？

原文：

intermol转化出来的ini_converted.lmp文件是只包含势函数吗？还是说我要另把gro文件转化成data文件。
我一开始寻找工具的时候没注意到gro2lmp这个工具，如果intermol不能提供结构文件转化的功能，我就转到gro2lmp中。

thor · 发表于 Post on 2024-4-8 20:55:46

gmx转lmp最好用gro2lmp很容易操作

Embers · 发表于 Post on 2024-4-8 21:08:52

thor 发表于 2024-4-8 20:55
gmx转lmp最好用gro2lmp很容易操作

感谢您的回答，这对我很重要。
我已经安装了gmx2lam，但是我遇到一个问题，我只用gro和top文件是否可以转化？我试了试好像不行。提示我需要输入forcefiled，bonded，non-bonded的文件。但是我想这些参数已经包含在top文件里了。
我点击“press to autoload”后，提示的error是诸如“Force filed files #include not found！”的内容。我需要怎么做才能避免这些报错？
十分期待您的回答和指教

thor · 发表于 Post on 2024-4-9 08:44:02

Embers 发表于 2024-4-8 21:08
感谢您的回答，这对我很重要。
我已经安装了gmx2lam，但是我遇到一个问题，我只用gro和top文件是否可以 ...

完全弄好比较困难，我是把模型转过去，力场自己写一下

Embers · 发表于 Post on 2024-4-9 10:57:30

thor 发表于 2024-4-9 08:44
完全弄好比较困难，我是把模型转过去，力场自己写一下

请问是不是生成的data文件就是包含了势函数力场？我看data文件几十万行之大

thor · 发表于 Post on 2024-4-9 19:51:49

Embers 发表于 2024-4-9 10:57
请问是不是生成的data文件就是包含了势函数力场？我看data文件几十万行之大

一般情况下力场会写在in文件中，data文件出现的是键链接关系

筛石灰 · 发表于 Post on 2024-10-25 11:29:24

thor 发表于 2024-4-8 20:55
gmx转lmp最好用gro2lmp很容易操作

请问gro2lmp支持Windows系统吗

thor · 发表于 Post on 2024-10-26 11:27:11

筛石灰发表于 2024-10-25 11:29
请问gro2lmp支持Windows系统吗

支持啊

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[Lammps] 求教关于gromacs转lammps的工具gro2lam（原题目为intermol）的使用问题