化合物DGEBA进行opt后构造发生改变

Toing · 发表于 Post on 2024-10-28 08:14:54

本帖最后由 Toing 于 2024-10-28 08:17 编辑

双酚A二缩水甘油醚（DGEBA）进行Optimization后，发现两个苯环（A，B）共同连接的一个碳原子变成两个苯环各连接一个不同的碳原子，请问为何会出现这种情况？该如何解决？
ps，opt前化合物结构已自动加氢并clean；执行的是70°C条件下的结构优化，25°C下的也出现上述情况；log文件3.77 M无法上传。

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2024-10-28 08:39:34

本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2024-10-28 08:55 编辑

重新算一算，把#改成#P监控细节，特别是SCF收敛情况；去掉对计算没什么意义的geom=connectivity和原子坐标后面的连接关系列表（1 2 1.0 6 2.0 13 1.0等等），原因参考社长博文http://sobereva.com/414；去掉对几何优化无意义的temperature设定，原因参考社长博文http://sobereva.com/423；另外这种柔性体系需要考虑构象搜索，参考http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html，优化完还需振动分析确认无虚频。

pal · 发表于 Post on 2024-10-28 10:43:21

本帖最后由 pal 于 2024-10-28 10:46 编辑

单纯就是初始结构有问题，clean操作之后结构很多时候都会变得很奇怪，像这个结构看一下就知道中间的两个甲基都和两个苯环叠在一起了，一般还是自己去把原子调整到合适的位置

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-28 12:35:58

log文件3.77 M无法上传

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