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[Amber] 求助gaussian16计算配体esp时坐标发生改变

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大家好,我用gaussian16计算配体的esp,输出文件中配体的坐标与输入坐标有较大差别,我后续在amber中进行动力学模拟时这个坐标差距导致了比较大的差别,请问有没有用gaussian只计算esp而不使配体的坐标发生大的改变的办法?感谢!

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发表于 Post on 2024-11-9 00:47:06 | 只看该作者 Only view this author
加上nosymm,看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-9 14:31:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-9 00:47
加上nosymm,看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297(http://bbs.kein ...

解决了,非常感谢sob老师!我还有一个疑问想请教,我用antechamber处理gaussian的输出log文件,生成mol2文件。接下来想要生成perp文件时发现mol2文件中一个O、C双键被识别成了单键导致报错,在gaussianView里能发现确实是双键,将mol2文件中的单键改为双键后后续能正常运行,我的疑问是我的这个改动是合理的吗?

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发表于 Post on 2024-11-9 18:10:00 | 只看该作者 Only view this author
rainppccino 发表于 2024-11-9 14:31
解决了,非常感谢sob老师!我还有一个疑问想请教,我用antechamber处理gaussian的输出log文件,生成mol2 ...

确保gview里看到的形式键级正确,再保存mol2用于后面的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-9 19:05:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-9 18:10
确保gview里看到的形式键级正确,再保存mol2用于后面的事

明白了,非常感谢!

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