求助：高斯加速分子动力学模拟的操作流程是什么？

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-2-14 09:09:59

本帖最后由灵芝5 于 2023-2-14 10:36 编辑

各位老师，您好！

我想做一个膜蛋白结合小分子的体系，使蛋白由非激活态跑到激活态；如果用常规MD需要跑长时间才能观察到受体激活的构象，所以想用GaMD加速蛋白采样。

我查了GAMD相关的综述，了解了GAMD的原理是给体系加一个额外势能，促进蛋白越过能垒。GAMD好像也只有AMBER才能跑，我只使用过GROMACS跑过常规MD。

想请问GAMD的流程和常规MD有哪些差异？可以用GROMACS跑哪种增强采样的模拟？有哪些GAMD相关资料可以用来学习？

感谢！

Acee · 发表于 Post on 2023-2-14 14:19:23

本帖最后由 Acee 于 2023-2-14 14:21 编辑

chrome-extension://efaidnbmnnnibpcajpcglclefindmkaj/http://miaolab.org/GaMD/lib/GaMD_Amber-Tutorial.pdf

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-2-14 18:11:02

本帖最后由灵芝5 于 2023-2-14 19:15 编辑

感谢大佬！
想再请教一下跑GaMD搭建体系的过程与Amber跑CMD的搭体系过程一样吗？比如加水、离子、盒子、能量最小化，只是最后跑轨迹的in文件内容不同？

lynnn · 发表于 Post on 2025-2-19 20:55:39

我目前也有同样的疑问，请问楼主是否解决了这个问题呢？能指导一下吗？非常感谢！

Huschein · 发表于 Post on 2025-2-20 01:26:54

或许可以看看这篇文章的method和SI？

https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.4c04243

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[Amber] 求助：高斯加速分子动力学模拟的操作流程是什么？

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