求助：计算模拟的体系中多个分子的均方根位移结果如何进行拟合？

吃西瓜的佩奇 · 发表于 Post on 2024-11-12 17:50:22

卢老师您好，学生构建了一个包含30个相同小分子的体系，需要考察在模拟的整个过程（共300个步骤）中这一类分子的运动情况，设想的解决方案是：将每一个分子在每一步模拟过程中计算均方根位移值，最后将所有的结果进行拟合。请教老师问题如下：
1.这种庞大的计算量是否可以通过脚本调用进行实现？
2.如何将所有的数据进行拟合，可以更为合理地评估分子的运动情况呢？
感谢老师不吝赐教！

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-13 05:05:29

我不晓得“共300个步骤”是什么意思，描述时不要有含糊性

写shell脚本批量调用gmx msd就完了。而且既然30个分子是相同的，没有必要依次计算每一个，直接在gmx msd计算时对同类分子结果自动取平均就完了（选择包含所有30个这种分子的组作为被计算组），耗时明显更低

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