计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 757|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 如何将gromacs中xtc文件轨迹的输出间距由大改小

[复制链接 Copy URL]

75

帖子

0

威望

417

eV
积分
492

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
如题,情况是我已经跑完MD了,但是发现参数文件的轨迹输出间距设置太大了,跑了50ns,大概是10ps才输出一次能量,我需要能量做统计,5000个点有些不够,想改成1ps输出,但是又不想重新花时间跑,想请教各位老师有什么其他的方法吗

9

帖子

0

威望

213

eV
积分
222

Level 3 能力者

2#
发表于 Post on 2024-11-8 10:28:32 | 只看该作者 Only view this author
gmx mdrun -rerun 指令好像可以,你改下mdp能量输出频率就行.很快的

75

帖子

0

威望

417

eV
积分
492

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-8 11:21:12 | 只看该作者 Only view this author
cpa 发表于 2024-11-8 10:28
gmx mdrun -rerun 指令好像可以,你改下mdp能量输出频率就行.很快的

老师你好,我在user guide里面看到了rerun,但是没有看到用法,以下是我理解的输入命令,可以请您看一下是否正确吗,我跑的伞形采样,把md_umbralla.mdp里面的输出改一下,生成新的tpr文件,然后照常跑吗
gmx grompp -f md_umbrella.mdp -c npt.gro -p topol.top -n index.ndx -o md_umbrella.tpr
gmx mdrun -rerun -v -deffnm md_umbrella -pf md_umbrella_pullf.xvg -px md_umbrella_pullx.xvg       

9

帖子

0

威望

213

eV
积分
222

Level 3 能力者

4#
发表于 Post on 2024-11-8 15:05:23 | 只看该作者 Only view this author
NEW12138 发表于 2024-11-8 11:21
老师你好,我在user guide里面看到了rerun,但是没有看到用法,以下是我理解的输入命令,可以请您看一下 ...

gmx mdrun -s new.tpr -rerun new.xtc -e new.edr

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2024-11-9 06:40:21 | 只看该作者 Only view this author
分清楚轨迹的输出间距,和能量的输出间距
如果你的轨迹保存频率低于1ps,不可能靠rerun得到1ps输出一次的能量信息
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

75

帖子

0

威望

417

eV
积分
492

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-9 11:27:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-9 06:40
分清楚轨迹的输出间距,和能量的输出间距
如果你的轨迹保存频率低于1ps,不可能靠rerun得到1ps输出一次的 ...

sob老师好,请问您说轨迹保存率的是指坐标输出间距吗,我的参数文件里nstxout-compressed以及nstenergy都是设置的10 ps输出,也就说这样的情况下我只能重新跑1ps输出的才行,不能把间距大的轨迹文件变成间距小的,因为当初运行的时候就没有保存那些数据,是这个意思吗

75

帖子

0

威望

417

eV
积分
492

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-9 11:28:06 | 只看该作者 Only view this author
cpa 发表于 2024-11-8 15:05
gmx mdrun -s new.tpr -rerun new.xtc -e new.edr

好滴,谢谢,我好像是数据保存少了,看到sob老师的回答,我再去看看我的参数文件,谢谢您的回答

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2024-11-9 18:07:45 | 只看该作者 Only view this author
NEW12138 发表于 2024-11-9 11:27
sob老师好,请问您说轨迹保存率的是指坐标输出间距吗,我的参数文件里nstxout-compressed以及nstenergy都 ...


必须从头重新跑轨迹。不可能无中生有变出没记录的帧
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

75

帖子

0

威望

417

eV
积分
492

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-11 00:10:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-9 18:07

必须从头重新跑轨迹。不可能无中生有变出没记录的帧

明白了,谢谢sob老师~

75

帖子

0

威望

417

eV
积分
492

Level 3 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-11 00:11:08 | 只看该作者 Only view this author
NEW12138 发表于 2024-11-11 00:10
明白了,谢谢sob老师~

因为电脑坏了,所以没能及时回复

50

帖子

0

威望

976

eV
积分
1026

Level 4 (黑子)

11#
发表于 Post on 2024-11-11 09:43:39 | 只看该作者 Only view this author
没有办法的,你五个点保存一次可以改成十个点保存一次,但十个点保存一次是改不到五个点保存一次的,只能重新跑了。

75

帖子

0

威望

417

eV
积分
492

Level 3 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-15 11:29:46 | 只看该作者 Only view this author
youknowdcf 发表于 2024-11-11 09:43
没有办法的,你五个点保存一次可以改成十个点保存一次,但十个点保存一次是改不到五个点保存一次的,只能重 ...

是的,已经重新跑了,谢谢您的回复

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 05:29 , Processed in 0.167199 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list