使用acpype将GAFF力场文件转化为gromacs文件后怎么include？

万年流星 · 发表于 Post on 2019-6-17 10:48:11

使用AmberTools+ACPYPE将GAFF力场文件转化为gromacs文件，得到gro和top后，include该怎么写？谢谢

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2019-6-17 11:02:40

你如果把top文件改为itp文件的格式，才有必要include。
利用AmberTools和ACPYPE产生的是完整的top文件，直接使用即可。

万年流星 · 发表于 Post on 2019-6-17 11:15:24

让你变成回忆发表于 2019-6-17 11:02
你如果把top文件改为itp文件的格式，才有必要include。
利用AmberTools和ACPYPE产生的是完整的top文件，直 ...

主要是需要include哪个力场呢？

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2019-6-17 13:42:56

万年流星发表于 2019-6-17 11:15
主要是需要include哪个力场呢？

AmberTools+ACPYPE产生的就是完整形式的top文件（包括成键项与非键项参数）。我不知道“include哪个力场”是什么意思。

万年流星 · 发表于 Post on 2019-6-17 14:19:57

让你变成回忆发表于 2019-6-17 13:42
AmberTools+ACPYPE产生的就是完整形式的top文件（包括成键项与非键项参数）。我不知道“include哪个力场 ...

如图中include了amber99力场，我这个不需要include力场就直接运行吗？是不是理解为只要参数齐全就可以不需要include力场了？

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2019-6-17 15:43:59

万年流星发表于 2019-6-17 14:19
如图中include了amber99力场，我这个不需要include力场就直接运行吗？是不是理解为只要参数齐全就可以不 ...

当然，参数都已经齐全了还要include干啥。

万年流星 · 发表于 Post on 2019-6-17 15:51:49

让你变成回忆发表于 2019-6-17 15:43
当然，参数都已经齐全了还要include干啥。

明白了，非常感谢

sobereva · 发表于 Post on 2019-6-17 21:01:50

倘若模拟体系不只包括当前acpype处理的小分子，而是还包含水，以及蛋白质、核酸等其它AMBER力场定义的部分，才需要include AMBER的forecfield.itp

万年流星 · 发表于 Post on 2019-6-17 23:06:43

sobereva 发表于 2019-6-17 21:01
倘若模拟体系不只包括当前acpype处理的小分子，而是还包含水，以及蛋白质、核酸等其它AMBER力场定义的部分 ...

懂了，谢谢sob老师

a617788816 · 发表于 Post on 2020-2-9 17:36:45

本帖最后由 a617788816 于 2020-2-9 20:32 编辑

sobereva 发表于 2019-6-17 21:01
倘若模拟体系不只包括当前acpype处理的小分子，而是还包含水，以及蛋白质、核酸等其它AMBER力场定义的部分 ...

sob老师，正如你所说的，我的模拟体系不只包括当前acpype处理的离子，还包含其他离子，这个top文件怎么使用include GAFF立场，听您前面说的是用include AMBER, GAFF是AMBER的普适版，那应当include哪个版本的的AMBER，毕竟是与GAFF会有些许区别吧？

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-10 07:04:41

a617788816 发表于 2020-2-9 17:36
sob老师，正如你所说的，我的模拟体系不只包括当前acpype处理的离子，还包含其他离子，这个top文件怎么使 ...

完全看不明白你的表述
AMBER显然尽量用最新版，GAFF和较新的所有AMBER版本都兼容。

a617788816 · 发表于 Post on 2020-2-26 20:14:33

sobereva 发表于 2020-2-10 07:04
完全看不明白你的表述
AMBER显然尽量用最新版，GAFF和较新的所有AMBER版本都兼容。

您好，sob老师，我的体系包含三个离子，想要计算静电力，范德华力，氢键力等弱相互作用，以下是我的模拟步骤，麻烦老师帮我看看是否有问题，以及一些模拟过程中的问题
1.分别以三个离子以acpype生成top后Gromacs高温模拟，取1000帧molclus多步优化得到最低构象。
2.分别以三个离子最低构象重新以acpype生成top，使用multiwfn计算RESP电荷代入其中，（因为我是分别单独生成的top，用的GAFF,那我重新写一个总的拓扑文件，是不是要include amber力场），然后模拟.(如何从Gromcas的输出文件中得到以上静电力和范德华力呢)。您提到通过氢键的键临界点处的电子密度可以估计氢键强度，这个算出来的氢键力，和模拟出来的静电力和范德华力，是否具备可比性呢，或者说氢键力/静电力的比值是否能代表氢键占静电的占比呢？
3.Multiwfn中也有基于分子力场的能量分解，和Gromacs中模拟的计算有何不同呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-26 20:22:28

a617788816 发表于 2020-2-26 20:14
您好，sob老师，我的体系包含三个离子，想要计算静电力，范德华力，氢键力等弱相互作用，以下是我的模拟 ...

不是非得include amber力场
给你看个例子，多个离子的水溶液，离子都是acpype搞的，电荷都是Multiwfn算的RESP电荷

#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
[ atomtypes ]
;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb
hn hn 0.00000 0.00000 A 1.06908e-01 6.56888e-02 ; 0.60 0.0157
n4 n4 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700
no no 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700
o o 0.00000 0.00000 A 2.95992e-01 8.78640e-01 ; 1.66 0.2100
s6 s6 0.00000 0.00000 A 3.56359e-01 1.04600e+00 ; 2.00 0.2500
#include "SO42-.itp"
#include "NO3-.itp"
#include "NH4+.itp"
#include "amber99sb-ildn.ff/spce.itp"
[ system ]
electrolyte
[ molecules ]
NH4+ 20
NO3- 10
SO42- 5
SOL 791

复制代码

显然只要把需要的原子类型都合并写到top的atomtypes字段里就行了。

如果离子不是很大，也没必要非得先做构象搜索。如果是柔性比较大才有必要。

氢键和静电不是并列的关系，前者是表象，后者是本质之一，仔细看下文里的相关信息了解这点
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

Multiwfn里的基于力场的能量分解是对于单帧计算的。对于每一帧，只要Multiwfn用的力场参数和原子电荷与gmx模拟时相同，结果和gmx也是一致的。另外Multiwfn的好处是可以把色散和交换互斥分别给你，而gmx给出能量组之间相互作用的时候是把二者合并为LJ作用一起给出的。另外Multiwfn划分片段方便，可以给出各个原子和原子对的贡献，便于拆分考察，而且还可以结合VMD作图直观考察。

a617788816 · 发表于 Post on 2020-2-27 12:01:46

本帖最后由 a617788816 于 2020-2-27 19:39 编辑

sobereva 发表于 2020-2-26 20:22
不是非得include amber力场
给你看个例子，多个离子的水溶液，离子都是acpype搞的，电荷都是Multiwfn算 ...

好的，谢谢sob老师，氢键和静电，既不是包含关系，也不是并列关系，所以应当单独拿出来讨论，而不是可对比的讨论是吗？那如果静电主导体系（非氢键）和静电主导体系（氢键），这种可对比吗？怎么对比？
另外使用Multiwfn做基于分子力场的能量分析时，计算MK电荷，能否设置等价约束？我看RESP的教程是可以的，MK电荷可以这样设置吗?因为我计算出来的MK电荷氢原子不等价，相同mol2文件我从acpype输出出来的氢原子是hx类型，在out文件Gaussian的面板则显示hp类型，我翻查力场的原子.atp文件，也没找到对hx的定义，只有对hp的定义。hx和hp是一样的类型吗.？

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-28 02:57:00

a617788816 发表于 2020-2-27 12:01
好的，谢谢sob老师，氢键和静电，既不是包含关系，也不是并列关系，所以应当单独拿出来讨论，而不是可对 ...

文中说了，静电作用是普通氢键的主要构成。还不懂就再反复仔细看文章

MK电荷不能。做EDA-FF毫无必要用等价性约束。等价性约束的目的是确保动力学行为正确。
文中说了，原子类型问题自行查看gaff.dat里的定义便知

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 使用acpype将GAFF力场文件转化为gromacs文件后怎么include？