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[Gaussian/gview] Gaussian16做含锰原子结构优化,分子构象成键变化太大

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各位大佬好,最近在做含锰原子结构优化,对C、N、H用pbe1pbe/6-31G,Mn用LanL2DZ分析计算,发现分子成键形式改变巨大,最后计算报错,请问怎么解决?


输入文件118.gif

输出.out文件上传不了,放个原子构象截图

微信图片_20241119191516.png (127.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

微信图片_20241119191516.png

1188.gjf

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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
先不说侧链有没有考虑过构象搜索,中间这扭曲如藤蔓般的结构究竟是哪来的,看了半天愣是没认出来卟啉环配体……
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
是gjf,不是gif;基组写错了;没给Mn定义赝势。急需仔细阅读Sob老师这篇博文
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
另外,没事甭用过时的Lanl2DZ,仔细看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html

用6-31G完全是开玩笑。好好看下文了解常识
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2024-11-19 20:05
是gjf,不是gif;基组写错了;没给Mn定义赝势。急需仔细阅读Sob老师这篇博文
详解Gaussian中混合基组、自 ...

好的,我没有太懂混合基组就把sob老师的案例抄了下来。请问我用6-311G*定义CHNO,用SDD定义Mn可以吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-20 05:28
另外,没事甭用过时的Lanl2DZ,仔细看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373(http://bbs.keinsci ...

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
不想用混合基组,就直接 def2svp 搞定...

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
pcw94121 发表于 2024-11-20 09:32
好的,我没有太懂混合基组就把sob老师的案例抄了下来。请问我用6-311G*定义CHNO,用SDD定义Mn可以吗?

可以。不过不要再写一些6-31*G之类不存在的东西了(就在你上传的附件里1188.gjf有),提交计算前先仔细阅读3L和4L推荐的博文,抄也要理解了再抄。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2024-11-20 11:36
可以。不过不要再写一些6-31*G之类不存在的东西了(就在你上传的附件里1188.gjf有),提交计算前先仔细阅 ...

好的感谢感谢,是因为在gaussian16里面的是6-31G+吗?我看很多地方都是6-31G*

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
pcw94121 发表于 2024-11-20 12:12
好的感谢感谢,是因为在gaussian16里面的是6-31G+吗?我看很多地方都是6-31G*

6-31+G那个+是弥散函数,6-31G*的*是极化函数,不是一个概念也不能混淆、写错。推荐读一读
基组入门资料小合集,另外也参加一个科音的初级量子化学培训班

还是挺好奇你输入文件里的初始结构是怎么构建/获取的,实在不符合化学直觉……
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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
你结构优化成这样的原因是你没有定义赝势,用了赝势基组不定义赝势当然不对。你实在不知道就写 def2SVP,省这么多麻烦事
KimariYB, Postgraduate, XiaMen University
School of Electronic Science and Engineering (National Model Microelectronics College)
Research interests: theoretical and computational chemistry and machine learning

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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
kimariyb 发表于 2024-11-20 12:18
你结构优化成这样的原因是你没有定义赝势,用了赝势基组不定义赝势当然不对。你实在不知道就写 def2SVP,省 ...

好的感谢感谢

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
pcw94121 发表于 2024-11-20 12:12
好的感谢感谢,是因为在gaussian16里面的是6-31G+吗?我看很多地方都是6-31G*

我求求你不要再自己创造基组了。再次强调,先仔细阅读3L和4L推荐的博文。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-11-20 12:18
6-31+G那个+是弥散函数,6-31G*的*是极化函数,不是一个概念也不能混淆、写错。推荐读一读
基组入门资料 ...

感谢科普!!!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2024-11-20 12:29
我求求你不要再自己创造基组了。再次强调,先仔细阅读3L和4L推荐的博文。

好的,我确实不会,下次有机会去参加基础培训。感谢指导!!!

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