体系包含蛋白质（酶）和两个ZN离子，高斯输入文件电荷问题

HanLuyao · 发表于 Post on 2024-11-28 10:26:51

老师想请问一下，我的体系包含蛋白质（酶）和两个ZN离子（每个离子带有两个正电荷），想问一下高斯生成的输入文件带的电荷数和什么有关

输入文件

7p85_small_opt.com (2.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
还有就是，我看了ZN周围有带正电的HIS残基还有带负电的ASG残基，这些残基对最终的电荷数是不是也有影响？

pikachuupup · 发表于 Post on 2024-11-28 11:19:34

输入文件的电荷是总电荷，需要你根据实际情况自行修改。另外也要恰当考虑残基的质子化和去质子化，这些残基也会对总电荷有影响

HanLuyao · 发表于 Post on 2024-11-28 16:00:03

本帖最后由 HanLuyao 于 2024-11-28 16:04 编辑

pikachuupup 发表于 2024-11-28 11:19
输入文件的电荷是总电荷，需要你根据实际情况自行修改。另外也要恰当考虑残基的质子化和去质子化，这些残基 ...

好的，另外想再问一下，这个电荷是可以直接改的吗? 还有质子化的残基对电荷的影响是什么？

pikachuupup · 发表于 Post on 2024-11-28 16:13:07

HanLuyao 发表于 2024-11-28 16:00
好的，另外想再问一下，这个电荷是可以直接改的吗? 还有质子化的残基对电荷的影响是什么？

电荷可以直接改，质子化要加一个正电荷，去质子化要加一个负电荷

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Gaussian/gview] 体系包含蛋白质（酶）和两个ZN离子，高斯输入文件电荷问题