求助：一个简单的模拟，但是动力学一直不稳定，自己排查不出原因，想请教各位老师

qz844 · 发表于 Post on 2025-3-24 02:52:47

我正在学习使用gromacs做模拟，想做一个20个分子在固定大小的盒子里的模拟。模拟体系如下图所示：

能量极小化的mdp文件用了培训班sob老师提供的文件，我把emtol改成了10。这一步没有出现问题。
我想要让盒子的结构不发生改变，就没有做NPT的模拟，而是把sob老师提供的文件改成了NVT模拟。
之后我用能量极小化后的gro文件作为结构文件做NVT模拟，但是一直有动力学不稳定的问题。
我跟着http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ8去尝试降温度，去约束等方法但是一直解决不了，想请教各位老师这大概是什么原因造成的。
top文件是用的sobtop按照生成小分子top文件那个案例生成的，原子电荷是通过Gaussian算的单分子CHELPG电荷。
已附上mdp，拓扑和结构文件，谢谢！

em.gro (44.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

system.top (340 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

sam.itp (44.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

md_nvt.mdp (566 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)

sobereva · 发表于 Post on 2025-3-24 09:54:48

柔性分子做动力学，显然应该用RESP电荷，仔细看下文
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

FAQ里说了，一堆分子跑不成功时一定要先尝试跑单分子，以便寻找原因

盒子那么稀疏，完全不该用DispCorr = EnerPres。复习培训里讲色散校正的相关内容

qz844 · 发表于 Post on 2025-3-28 09:17:35

sobereva 发表于 2025-3-24 09:54
柔性分子做动力学，显然应该用RESP电荷，仔细看下文
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
ht ...

感谢sob老师的回复！
我改用RESP电荷后单分子能够在室温下稳定模拟了，但是多分子似乎还没有完全稳定。
我用单分子模拟相同的mdp文件，室温下模拟会很快崩溃，崩溃都会伴随温度的突然升高。
然后我加了退火，把步长从1fs降低到0.5fs，把tau-t从0.2加到0.5。这样我可以稳定的跑完250ps。
然后我退火得到的结构再固定温度到298k，也能完整的跑完250ps。
但是我再想把模拟时间加到500ps，模拟后期就又会出现温度突然升高然后崩溃的情况。（我试了再将步长降低到0.2fs，但是没有效果）
想请教老师还有什么办法能将模拟变的更加稳定，非常感谢！
我计算原子电荷是在B3LYP/6-31G**级别下优化结构和计算的，不知道是不是精度不够的问题。
（已附上模拟文件）

nvt.mdp (649 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)

sam.itp (44.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

system.gro (68.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

system.top (340 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

sobereva · 发表于 Post on 2025-3-28 11:59:51

qz844 发表于 2025-3-28 09:17
感谢sob老师的回复！
我改用RESP电荷后单分子能够在室温下稳定模拟了，但是多分子似乎还没有完全稳定。
...

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里该说的都说了
我没时间具体看这些文件和测试

qz844 · 发表于 Post on 2025-3-28 16:56:18

sobereva 发表于 2025-3-28 11:59
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里该说的都说了
我没时间具体看这些文件和测试

感谢sob老师！您如果一眼没看出什么问题，那我就可以按照自己的方法结合帖子自己测试了。

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[GROMACS] 求助：一个简单的模拟，但是动力学一直不稳定，自己排查不出原因，想请教各位老师

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