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[GROMACS] 求助,怎样自定义sobtop生成gromacs 57A4&CHARMm36的.top文件?

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求助,怎样自定义sobtop生成gromacs 57A4&CHARMm36的.top文件?有实现过的大佬吗?

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发表于 Post on 2024-4-20 09:05:03 | 只看该作者 Only view this author
没法自定义,好好看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ2,而且根本不存在叫gromacs 57A4的东西

若无特殊情况,生物分子一律用AMBER力场。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-20 22:40:20 | 只看该作者 Only view this author
好的谢谢!受教了社长!

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发表于 Post on 2024-11-27 20:00:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-20 09:05
没法自定义,好好看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ2,而且根本不存在叫gromacs 57A4的东西

若无 ...

老师您好,我在跑油水两相模拟,我的小分子都是使用sobtop程序生成的,但现在老板需要添加壁面,使用charmm-gui网站生成的力场文件在defaults这一项中和AMBER立场参数不一样,我能否通过什么方法来将他们统一起来呢?

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发表于 Post on 2024-11-28 11:31:33 | 只看该作者 Only view this author
13734436496 发表于 2024-11-27 20:00
老师您好,我在跑油水两相模拟,我的小分子都是使用sobtop程序生成的,但现在老板需要添加壁面,使用char ...

我拒绝使用charmm-gui

根据拓扑文件的逻辑规则该怎么处理怎么处理。GAFF和AMBER力场的[defaults]并没有任何区别,本来两种力场就是完全兼容的

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