使用Multiwfn绘制α-环糊精范德华势的问题

Chela · 发表于 Post on 2022-6-24 20:39:08

各位老师好，本人最近学习了sob老师 “谈谈范德华势以及在Multiwfn中的计算、分析和绘制”这篇文章，想用它来研究自己的α-环糊精（α-CD）体系，目前遇到了几个问题，想请教各位老师。
1、用优化的α-CD做了范德华势图，发现在大口端只显示出5个极值点（图1），有点纳闷，α-CD是一个由六个葡萄糖单元组成的对称结构，为什么不在大口端出现六个极值点？看了"使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析"知道一个盆对应一个吸引子，但不明白为什么图2中的盆跟图3中的不一样？
2、想研究α-CD与amp在某位置的相互作用，把该复合物中的α-CD结构提出来单独做范德华势图，发现在大口端有两处出现了两个极值点并排的情况（图4蓝色小球）
附：优化后的α-CD和复合物中α-CD的.xyz文件已上传。
谢谢各位老师！

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-25 03:27:04

1 可能格点间距太大，或者体系当前结构本身不严格满足对称性
盆的形状不可能完全一样，格点数据是在矩形空间中分布的，而且格点也是正交格子，都不满足你的体系的对称性

2 无所谓，判断极值点的算法原因，没必要较真儿。改小格点间距可能就没了

Chela · 发表于 Post on 2022-6-26 20:57:34

sobereva 发表于 2022-6-25 03:27
1 可能格点间距太大，或者体系当前结构本身不严格满足对称性
盆的形状不可能完全一样，格点数据是在矩形空 ...

谢谢老师的回答，我又缩小了格点间距，但是遇到了以下几个问题：
1、将格点间距改成0.05，确实在大口端6个位置出现了极值点，但是有两处仍有极值点并排的情况（见图片），在这种情况下，我应该用哪一个极值点的对应的数值？
2、我后面试图将格点间距改成0.04，但是Multiwfn在到处vdW.cub文件时总是闪退，原因是文件太大吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-27 05:07:13

Chela 发表于 2022-6-26 20:57
谢谢老师的回答，我又缩小了格点间距，但是遇到了以下几个问题：
1、将格点间距改成0.05，确实在大口端6 ...

应该基本没区别，用哪个都可以，取平均亦可
可能是。大体系结合0.04 Bohr格点间距时格点数会非常多，占内存极大。Multiwfn设置格点时可以在图形界面里设置盒子区域，可以让盒子只涵盖在感兴趣的区域，从而只绘制感兴趣的区域，或从而只对感兴趣的区域搜索极值点。
对于观看等值面的目的，0.1 Bohr格点间距时就已经极其细腻了，再减小完全没必要。

Chela · 发表于 Post on 2022-6-27 09:04:12

sobereva 发表于 2022-6-27 05:07
应该基本没区别，用哪个都可以，取平均亦可
可能是。大体系结合0.04 Bohr格点间距时格点数会非常多，占 ...

好的，我明白了，再次谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-4 14:37:55

新写了篇文章，介绍了用拓扑分析精确定位范德华势极小点，不仅比盆分析明显更精确，还不会出现两个极小点挨着的情况，还不像盆分析过程那样对大体系会占很大内存
使用Multiwfn对静电势和范德华势做拓扑分析精确得到极小点位置和数值
http://sobereva.com/645（http://bbs.keinsci.com/thread-30769-1-1.html）

Chela · 发表于 Post on 2022-7-4 20:28:17

sobereva 发表于 2022-7-4 14:37
新写了篇文章，介绍了用拓扑分析精确定位范德华势极小点，不仅比盆分析明显更精确，还不会出现两个极小点挨 ...

太感谢老师了！！！！！！！

thor · 发表于 Post on 2024-11-28 11:28:00

问个问题，你的原始结构是ccdc里面的吗

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