如何将gromacs得到的轨迹文件xtc/trr转化为materials studio可以用的轨迹文件呢？

liu840397562 · 发表于 Post on 2023-10-29 20:27:56

请问各位老师同学们，如何将gromacs得到的轨迹文件xtc/trr转化为materials studio可以用的轨迹文件呢？因为material studio模拟速度很慢，但是有些用于聚合物分析的功能比较方便，比如内聚能密度，或者一些能带计算，所以我想是否可以通过将两者结合一下，从gromacs得到轨迹文件再放到MS中去分析呢？

chenzhe · 发表于 Post on 2023-11-23 20:47:33

能带那是第一性原理的事情，经典MD就这个那不是gmx或者forcite的事情了。至于内聚能密度，依据内聚能的定义写一个脚本直接就能得到。如果非得用forcite的分析，mda+ase实现。先用mda库读取tpr和xtc，然后用ase把元素和坐标信息写到xtd轨迹。

liu840397562 · 发表于 Post on 2023-11-23 22:55:07

chenzhe 发表于 2023-11-23 20:47
能带那是第一性原理的事情，经典MD就这个那不是gmx或者forcite的事情了。至于内聚能密度，依据内聚能的定义 ...

感谢您的建议和解决方法哇！

夜灯-小凡 · 发表于 Post on 2024-11-29 20:10:16

chenzhe 发表于 2023-11-23 20:47
能带那是第一性原理的事情，经典MD就这个那不是gmx或者forcite的事情了。至于内聚能密度，依据内聚能的定义 ...

我直接将pdb轨迹转换为了xtd，但是失去了化学键的信息，在MS里只有原子没有化学键，该如何把键也写进xtd呢？

chenzhe · 发表于 Post on 2024-12-2 16:49:09

夜灯-小凡发表于 2024-11-29 20:10
我直接将pdb轨迹转换为了xtd，但是失去了化学键的信息，在MS里只有原子没有化学键，该如何把键也写进xtd ...

如果要求不高，让软件自动依据距离判断就行。而且如果你的pdb轨迹里面本来就没有键信息也没法弄啊

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[GROMACS] 如何将gromacs得到的轨迹文件xtc/trr转化为materials studio可以用的轨迹文件呢？

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