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[综合交流] 关于金属离子荧光探针的相关咨询

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楼主
老师好,我有几个关于锌离子荧光探针的问题想要咨询一下。

1.   我是基于B3LYP/6-31G**优化未络合锌离子的分子,采用Lanl2DZ赝势基组对络合的锌离子进行优化。
      后边计算数据跟实验对不起来,是不是因为我选的基组有问题。

2.   在DALTON程序上计算两个分子的双光子性质。
     发现双光子吸收截面并不是像实验上所说增大很多倍,反而减小了。双光子吸收波长也未达到近红外区。
     进行双光子吸收性质计算的时候是不是也要采用赝势基组?
     DALTON计算双光子吸收准确吗?

3.  用GAUSSIAN计算单光子吸收性质,GAUSSIAN中的基矢和DALTON程序中的是否一样。

4.  优化后的激发态是找到的单重激发态的几何结构,如果要看它的发射情况是不是需要在这个基础上做一下单点计算。

5.  谢谢老师。

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发表于 Post on 2017-1-17 11:31:25 | 只看该作者 Only view this author
1 一般这个级别优化够用。和实验对比不好一般不会是当前优化级别不够。(虽然也可以考虑用更好的6-311G**结合SDD优化试试,但应该不会有明显差别)

3 不知道你说的基矢具体指什么,SCF的基函数,还是诸如TDDFT用的组态函数之类

4 需要做激发态计算,单点计算只能得到基态能量。看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-17 20:26:45 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师的回复

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发表于 Post on 2017-1-18 22:33:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-1-17 11:31
1 一般这个级别优化够用。和实验对比不好一般不会是当前优化级别不够。(虽然也可以考虑用更好的6-311G**结 ...

老师,我想咨询一下计算双光子吸收的软件有哪些呢?我也用dalton计算双光子吸收,但和实验差挺多的
If anything is impossible? It should be done!!

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发表于 Post on 2017-1-20 10:02:28 | 只看该作者 Only view this author
你结合Zn后的模型是否合理?
比如配体是否脱质子,Zn是几配位。整个体系的带电情况。是否有溶剂模型?
这些问题都要考虑

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-20 19:51:49 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2017-1-20 10:02
你结合Zn后的模型是否合理?
比如配体是否脱质子,Zn是几配位。整个体系的带电情况。是否有溶剂模型?
这 ...

嗯嗯,谢谢老师。
我找到这个实验的课题组,他们说没有培养出晶体结构,我们考虑Zn是四配体结构。考虑了整体带电荷和不带电荷这两个情况。溶剂采用的是隐式溶剂模型,PCM连续介质模。
老师我不是很懂您说的配体脱质子的意思,如果说再加入两个水分子构成锌离子的正四面体结构,那这这两个水就分别脱一个质子,那这样的话整体是不是电荷就为0 了?

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发表于 Post on 2017-1-21 20:44:03 | 只看该作者 Only view this author
三月雨 发表于 2017-1-20 19:51
嗯嗯,谢谢老师。
我找到这个实验的课题组,他们说没有培养出晶体结构,我们考虑Zn是四配体结构。考虑了 ...

加zn后紫外吸收红移了么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-21 21:35:21 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2017-1-21 20:44
加zn后紫外吸收红移了么?

红移了一点,10纳米之内,很小。实验说是PET机理,紫外吸收是不是应该在差不多范围内?电荷转移的话红移应该会大吧,老师。

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发表于 Post on 2017-1-23 09:43:01 | 只看该作者 Only view this author
三月雨 发表于 2017-1-21 21:35
红移了一点,10纳米之内,很小。实验说是PET机理,紫外吸收是不是应该在差不多范围内?电荷转移的话红移 ...

如果是纯粹的pet机理的话,那么双光子吸收截面应该不怎么受影响。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-23 19:40:50 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2017-1-23 09:43
如果是纯粹的pet机理的话,那么双光子吸收截面应该不怎么受影响。

谢谢老师您的回复。
那如果是PET机理,波长和双光子吸收的截面都变化不大的话,如何来体现这个探针检测锌离子的优点呢?只是看荧光的变化来判定这个探针是不是性能良好的锌离子探针吗?
谢谢钟老师

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发表于 Post on 2017-1-23 22:35:40 | 只看该作者 Only view this author
既然是PET机理。典型的情况就是紫外不变,是荧光turn on的。如果你还看吸收截面和波长的话,那就是要证伪你的PET机理。。。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-6 11:37:03 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2017-1-23 22:35
既然是PET机理。典型的情况就是紫外不变,是荧光turn on的。如果你还看吸收截面和波长的话,那就是要证伪你 ...

谢谢钟老师的回复。
我看实验室也有比较这个截面大小的部分,如果波长不是在近红外区的话,波长很小不是对细胞损伤太大了?

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发表于 Post on 2017-2-6 12:48:47 | 只看该作者 Only view this author
波长越长吸收截面越大当然越好。问题在于pet机理本身不会影响吸收,只会影响荧光。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-7 19:43:39 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2017-2-6 12:48
波长越长吸收截面越大当然越好。问题在于pet机理本身不会影响吸收,只会影响荧光。

哦哦,谢谢钟老师的耐心回复~

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