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[Material Studio] 请教如何用materials studio构建无定形二氧化硅气凝胶模型

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我是做纳米掺杂二氧化硅气凝胶的制备,现在想通过Materials Studio研究纳米掺杂对气凝胶热稳定的影响机理。想请教如何在Materials Studio建立无定形二氧化硅的模型?是要用脚本吗?找哪里可以找到这种类似的脚本呢

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发表于 Post on 2023-11-22 03:15:05 | 只看该作者 Only view this author
免费的VMD自带的插件extensions - modelling - Inorgnic Builder直接就能建特定尺寸的无定型二氧化硅
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-12-3 23:47:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-22 03:15
免费的VMD自带的插件extensions - modelling - Inorgnic Builder直接就能建特定尺寸的无定型二氧化硅

社长你好,这个大小好像不可以调,我的vmd版本是1.9.4,您知道怎么调尺寸么?C:\Users\24299\Desktop\2024123234352.jpg

2024123234352.jpg (105.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

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发表于 Post on 2024-12-4 06:44:57 | 只看该作者 Only view this author
永华唐 发表于 2024-12-3 23:47
社长你好,这个大小好像不可以调,我的vmd版本是1.9.4,您知道怎么调尺寸么?

把Box dimension的三个方向的倍数(仅支持整数)调得足够大再切出需要的部分。
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2024-12-4 10:20:39 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-4 06:44
把Box dimension的三个方向的倍数(仅支持整数)调得足够大再切出需要的部分。

谢谢,这样得到原子非常多,如果想做少量的slab非晶的,这个还有别的操作么?

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傻傻的木瓜

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发表于 Post on 2024-12-4 10:29:48 | 只看该作者 Only view this author
永华唐 发表于 2024-12-4 10:20
谢谢,这样得到原子非常多,如果想做少量的slab非晶的,这个还有别的操作么?

用VMD的原子选择语句就能做到“切出需要的部分”保存,参考社长博文http://sobereva.com/504
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2024-12-4 12:45:32 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-4 10:29
用VMD的原子选择语句就能做到“切出需要的部分”保存,参考社长博文http://sobereva.com/504。

谢谢您,我去试试

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