模拟COF结构，结构两端不稳定，出现键的异常断裂

yolo-blossom · 发表于 Post on 2024-11-30 10:17:00

各位老师好，我当前正在模拟COF的动力学，第一次做这种体系。我目前是先从COF的数据库获得了这个COF结构的单体，然后利用了PACMAN生成了原子的原子电荷、利用sobtop生成了COF的力场参数、利用Multiwfn将COF的cif文件进行了扩胞操作（扩胞后文件如图一）。然后利用sob老师的md_PBC.mdp文件先在真空下进行了模拟，模拟命令如下：

gmx editconf -f test.gro -o 1.gro -bt triclinic -d 1.0
gmx grompp -f md_PBC.mdp -c 1.gro -p test.top -o PBC.tpr -maxwarn 3
模拟结束以后COF结构两端的键和结构出现了断开（如图二、图三），想问问各位老师这是什么原因，我应该如何解决呢。

图一：

图二：

图三：

MDP文件如下图：

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-11-30 15:21:26

参考这篇帖子，http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=40562

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-3 07:33:13

显然不能用gmx editconf -f test.gro -o 1.gro -bt triclinic -d 1.0，否则COF边缘留了真空区，跨盒子的键都没了，都不成周期性体系了，VMD里把盒子边框显示出来一看便知。并且对于有跨盒子成键的周期性分子要用periodic-molecules = yes
此外，确保结构文件载入sobtop后如实判断出了该有的键，免得少了某些bond、angle项

yolo-blossom · 发表于 Post on 2024-12-3 08:43:13

本帖最后由 yolo-blossom 于 2024-12-3 08:53 编辑

sobereva 发表于 2024-12-3 07:33
显然不能用gmx editconf -f test.gro -o 1.gro -bt triclinic -d 1.0，否则COF边缘留了真空区，跨盒子的键 ...

非常感谢 sob老师对于这种体系有什么推荐的建立合适盒子的步骤方法吗

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-4 16:37:01

yolo-blossom 发表于 2024-12-3 08:43
非常感谢 sob老师对于这种体系有什么推荐的建立合适盒子的步骤方法吗

晶格参数本身就是盒子信息，顶多是垂直于COF的方向的真空区大小可以根据要求自定义

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