构建盒子后执行能量最小化失败

milk_q

首先是chemdraw画的结构，GFN2-xTB优化后，计算RESP，参数完全基于GAFF
sobtop生成拓扑参数


加入25个分子，填充水构建的盒子

构建盒子后执行能量最小化提示
Polak-Ribiere Conjugate Gradients converged to machine precision in 18 steps,
but did not reach the requested Fmax < 100.
Potential Energy = -1.1768061e+07
Maximum force = 1.8125794e+05 on atom 16366
Norm of force = 7.9638007e+02

这是em.mdp
define = -DFLEXIBLE
integrator = cg
nsteps = 10000
emtol  = 100.0
emstep = 0.01
;
nstxout   = 100
nstlog    = 50
nstenergy = 50
;
pbc = xyz
cutoff-scheme            = Verlet
coulombtype              = PME
rcoulomb                 = 1.0
vdwtype                  = Cut-off
rvdw                     = 1.0
DispCorr                 = EnerPres
;
constraints              = none

请各位老师指导一下

sobereva

什么细节都没有，整体结构怎么建的、拓扑文件怎么产生的，一概不提，文件也不提供，没人能回答
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）
那叫GFN2-xTB

tsgyls

可能的原因很多
比如盒子太大了，是不是先把溶剂能量最小化，再加入你的分子比较好
或者你优化结构的时候，没有仔细看结构，分子扭的厉害还直接拿来用
或者构建拓扑文件的时候，把柔性部分当做刚性结构，用hessian进行计算