求助：各位老师，多条链蛋白进行RMSD分析时，应该怎样指定残基

teacher7 · 发表于 Post on 2024-11-19 16:10:25

本帖最后由 teacher7 于 2024-11-19 16:31 编辑

各位老师，用amber跑完轨迹，在对轨迹进行rmsd分析时，遇到一些问题。
蛋白含有四条链，其中A链有298个残基,B链有299残基,C链有568个残基,D链有566个残基，每条链的氨基酸标号都是从1开始，应该怎么指定氨基酸残基进行RMSD分析，是把所有的残基加一块吗？

student0618 · 发表于 Post on 2024-12-3 20:29:54

先用 ambpdb -c xxx.inpcrd -p xxx.prmtop > check.pdb 看看amber用的残基编号。

student0618 · 发表于 Post on 2024-12-3 20:30:36

本帖最后由 student0618 于 2024-12-3 20:46 编辑

请管理员删除，网络问题重发了。

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[Amber] 求助：各位老师，多条链蛋白进行RMSD分析时，应该怎样指定残基

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