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[VMD] volmap计算SDF的isovalue值怎么选择

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本帖最后由 ngaoo 于 2024-3-5 20:42 编辑

老师,
1.我使用volmap得到了几个dx文件,其中部分文件载入到multiwfn转换为cub文件会闪退。

2. 老师,这个是我用volmap生成的,您之前的帖子说过isovalue太小会出现噪点,我这个是不是噪点?我只有将isovalue调整到0.03才会出现等值面,不知道这样合理吗?调整为其他数值的时候不会出现等值面。

3.不同的分子需要不同isovalue才会显示出来等值面,请问老师这样可以吗?比如A分子在isovalue=0.03,B分子在isovalue=0.06才会出现2图类似的区域。

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发表于 Post on 2024-3-6 02:37:10 | 只看该作者 Only view this author
1 上传压缩后的dx文件,超过5MB就传网盘

2 没噪点。volmap经过高斯函数平滑后的不可能有噪点
没任何异常

3 横向对比需要统一。可以一张图里绘制不同isovalue的等值面,用不同的透明度
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-6 14:11:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-6 02:37
1 上传压缩后的dx文件,超过5MB就传网盘

2 没噪点。volmap经过高斯函数平滑后的不可能有噪点

谢谢老师
我又重新生成了.dx文件,这次转换成功了。

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发表于 Post on 2025-1-3 01:24:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-6 02:37
1 上传压缩后的dx文件,超过5MB就传网盘

2 没噪点。volmap经过高斯函数平滑后的不可能有噪点

老师您好,我想计算不同体系中的同种分子的SDF,等值面怎么选取呢?这个等值面的物理意义是什么呢?求解答

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发表于 Post on 2025-1-3 01:38:12 | 只看该作者 Only view this author
用户128668 发表于 2025-1-3 01:24
老师您好,我想计算不同体系中的同种分子的SDF,等值面怎么选取呢?这个等值面的物理意义是什么呢?求解 ...

Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

看上文Q63
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-1-3 20:46:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-3 01:38
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http://sobereva.com/452

谢谢老师!

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