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[GROMACS] 求助:grompp提示总电荷不为零

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我建了A,B两个分子,然后手动修改了itp文件中[ atomts ]中原子的电荷,我算了一下修改后两个分子itp文件中[ atomts ]里charge总和分别为0.0001和-0.000001。我在盒子里分别放入了360个A和444个B,总电荷不应该是0.0001*360+(-0.00001)*444=0.03156吗?为什么和grompp提示的差这么多?可能是什么原因造成的?

总电荷.jpg (44.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

总电荷.jpg

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发表于 Post on 2020-3-30 23:20:46 | 只看该作者 Only view this author
手动调整atoms里的电荷,让加和精确为0,然后再看情况
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-31 17:00:51 | 只看该作者 Only view this author
自己回一下自己,是因为itp文件中分号把手动填写的电荷注释掉了而使用了力场自带的电荷,把分号删了就行了。原理不明。

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发表于 Post on 2020-4-1 03:31:57 | 只看该作者 Only view this author
王寓于 发表于 2020-3-31 17:00
自己回一下自己,是因为itp文件中分号把手动填写的电荷注释掉了而使用了力场自带的电荷,把分号删了就行了 ...

显然不能把自己设的电荷给注释掉了
注释掉后会自动用[atomtypes]里的原子电荷,这没有任何实际意义
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发表于 Post on 2020-10-15 16:18:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-1 03:31
显然不能把自己设的电荷给注释掉了
注释掉后会自动用[atomtypes]里的原子电荷,这没有任何实际意义

您好,截图是用您帖子里RESP2(0.5)计算的2,2,4-Trimethylpentane的电荷以及最后一行的电荷之和。
可以看到最后电荷之和不为零,您说的手动调零是不是就是在比如小数点后第五位第六位,自己稍微加加减减一下?这样小幅度的修改不会对结果产生错误影响是吧?

123.png (50.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

RESP2(0.5)

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发表于 Post on 2020-10-17 14:38:05 | 只看该作者 Only view this author
FMGwenyanhoon 发表于 2020-10-15 16:18
您好,截图是用您帖子里RESP2(0.5)计算的2,2,4-Trimethylpentane的电荷以及最后一行的电荷之和。
可以看 ...

是。不会

目前官网上最新的Multiwfn给出RESP电荷的时候会输出多达小数点后10位,精度已经非常高了,不需要手动做加加减减。
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发表于 Post on 2020-10-19 11:23:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-17 14:38
是。不会

目前官网上最新的Multiwfn给出RESP电荷的时候会输出多达小数点后10位,精度已经非常高了,不 ...

好的好的,那我下次多保留几位小数点

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发表于 Post on 2023-12-18 17:17:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-17 14:38
是。不会

目前官网上最新的Multiwfn给出RESP电荷的时候会输出多达小数点后10位,精度已经非常高了,不 ...

老师,您好!借楼问一下,我通过MCPB.py生成了top文件,但是现在显示整体的电荷不为零,0.003,这么大的偏差,应该是我构建的时候出了问题吧?应该不能够手动来调整吧

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发表于 Post on 2023-12-18 23:41:55 | 只看该作者 Only view this author
Newbee_Ccc 发表于 2023-12-18 17:17
老师,您好!借楼问一下,我通过MCPB.py生成了top文件,但是现在显示整体的电荷不为零,0.003,这么大的 ...

手动微调一下就完了
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发表于 Post on 2024-12-10 09:30:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-18 23:41
手动微调一下就完了

sob老师,手动微调对计算分子静电势有影响吗

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发表于 Post on 2024-12-11 02:17:05 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2024-12-10 09:30
sob老师,手动微调对计算分子静电势有影响吗

肯定有,但可以忽略不计,肉眼上都看不出差别
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