公社群聊Q&A整理：2016.10.11 01 ~ 2016.10.14 00 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-2-8 22:59:35

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2016.10.11 00:04:22
Q:
麻烦请教力场拟合大神，我自己拟合了小分子的力场，我要验证力场，发现密度匹配的很多，但是粘度和表面张力
都大了将近2倍，这说明可能力场参数使分子间的相互作用偏大，请问有调节力场的什么参数可以使分子的相互作用减
弱？
麻烦请教力场拟合大神，我自己拟合了小分子的力场，我要验证力场，发现密度匹配的很好，但是粘度和表面张力
都大了将近2倍，这说明可能力场参数使分子间的相互作用偏大，请问有调节力场的什么参数可以使分子的相互作用减
弱？
A:
势阱深度
Q:
sob老师，我采用的原子L-J势都是参考文献里的，那这个势阱深度怎么自己调了，您知道吗？@Sobereva
A:
反复调，直到模拟数据和实验最相符
Q:
是调节关键原子的LJ-势阱深度吗？这个可以随意调到嘛
A:
y
Q:
嗯好的我调节一下试试谢谢老师还有一个问题：我密度拟合的很好，误差在1%，我调节势阱深度是不是对密
度影响较大？因为我表面张力大了两倍，如果我调节使表面张力接近了，密度反而差别大了也不行呀！
A:
密度本来就容易算准
不同物理性质对参数的敏感性不同
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2016.10.11 00:06:58
Q:
[图片]
请问老师这里的两个error是什么错
谢谢各位
A:
不是错误，是DIIS误差函数的值
你懂了DIIS的原理自然就明白是怎么回事，不懂就别管它
Q:
也有用diis的误差作为收敛判断标准的吧
A:
一般不用
至少也得考虑能量标准
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2016.10.11 00:34:15
Q:
[图片]sob老师，我利用multiwfn得到了一个结构不同面的LOL，是否有办法像图中正方形一样，在一个图里同时显
示不同面的LOL？
我的意思是把不同面的等值线同时显示在一个结构中。
A:
[图片]
可以借助chemcraft
载入multiwfn计算的LOL的cube文件，然后显示多个截面。效果比VMD好
Q:
sob老师，你的意思是把LOL的cube文件，导入chemcraft中？
A:
y
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2016.10.11 01:18:38
Q:
老师算nbo出现这样的错误怎么解决
[图片]
A:
贴关键词
Q:
[图片]
A:
去掉弥散
Q:
这是我的关键词
好的
老师还有个问题就是我其他几个体系加了弥散没有出现这样的错误这个与体系有关吗
A:
可能有
属于NBO bug
加弥散对NBO分析毫无益处
Q:
好的谢谢老师
老师去掉弥散之后还是出现同样的错误
[图片]
A:
换6-31G**再试
或者用更新的NBO版本
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2016.10.11 02:00:26
Q:
大博士，计算频率最后说未能用CPHF解析出结果，这个该怎么解决呢？
是数值错误吗？
A:
贴出提示
Q:
已经覆盖了，就是算了1000步的对角化过程但是没完成，就停止并报错了
A:
那大抵不是对角化，如果是SCF之后的步骤一直没收敛，可以试试CPHF=grid=fine
Q:
大博士，其他方面是指？
A:
理论方法、结构等
Q:
大博士，频率计算用Int=grid=fine不好使，在优化未使用int=ultrafine的情况下，频率可以用
Int=grid=ultrafine吗？
A:
不可
Q:
[表情]那大博士，我该怎么解决呢？还是上次的频率计算在自洽场之后的步骤不能正常结束
[Emoticon]那大博士，我该怎么解决呢？还是上次的频率计算在自洽场之后的步骤不能正常结束
A:
是CPHF用fine格点，CPHF=grid=fine，不是int=grid=fine
Q:
[表情]是我写错了，Int=grid=fine是不是默认的？
[Emoticon]是我写错了，Int=grid=fine是不是默认的？
老师，如果CPHF=grid=fine不行，可以使用CPHF=grid=ultrafine吗？
A:
是默认
做不下去看具体提示
CPHF没必要ultrafine
CPHF默认是coarse往往有点太烂，所以才值得提升到fine
Q:
[图片]
A:
什么基组什么方法什么体系？
Q:
一直就这么来回来去的打转
A:
RP不好
Q:
B笼与超碱金属
B3LYP/6-31+G*
老师，RP是什么
A:
renpin
Q:
[表情]
[Emoticon]
大博士，我该怎么解决呢？
A:
换换基组之类
CPHF用ultrafine也可以尝试，但奏效几率很有限，如果fine都不行的话
Q:
[图片]
关键词
A:
你可以调调CPHF里的选项，包括其中的conver，可尝试设松点
Q:
大博士，优化中用了弥散，是不是数值巧合的缘故？如果优化有弥散，是不是频率也一定要有弥散？
A:
是
Q:
老师，CPHF中conver=N中，出现了两种情况，一种是separate一种是simultaneous，分别收敛线是9和10，我该考
虑哪一种情况呢？设成8或者7行不行呢？
A:
看看手册琢磨琢磨试试就知道了
我之前也没用这些
RP没这么差过
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2016.10.11 03:12:18
Q:
大家好，像这类原子轨道电子密度应该怎么求解呢？
[图片]
得到的高斯的输出文件里有这类信息的吗？
或者后期需要如何再处理呢？
谢谢大家~
A:
就是计算轨道成份
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
“原子轨道电子密度”这种描述是很菜鸟的
看第六节
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
你截图里的描述一看就是理论半吊子的人写的
群共享里《亲电取代反应中活性位点预测方法的比较》也有相关介绍，是严谨正确的
----------------------------------------------------
2016.10.11 03:58:16
Q:
sob老师，在算AdNDP的时候，出现[图片]，
use which density matrix? 0=total 1=alpha 2=beta
该如何选择？谢谢。
A:
分子总密度就选0，两种自旋单独分析就选相应的
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2016.10.11 04:10:49
Q:
各位老师请问计算含三个O原子的有机小分子（共11个原子）的电离能和电子亲和能用什么方发合适?
A:
CCSD(T)/aug-cc-pVTZ
Q:
嗯，好的，谢谢老师
老师，还有一个问题，那要算它的激发能该用什么方法?
A:
如果限于高斯，用EOM-CCSD/cc-pVTZ
Q:
[图片]老师，高斯说明书里面有这样一句话是什么意思？
A:
能利用阿贝尔群对称性
Q:
那不用考虑分子对称性吧？
A:
Abelian群：C1, Cs, Ci, C2, D2, C2v, C2h, D2h
即曰EOM-CCSD代码能利用这些点群
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2016.10.11 04:21:25
Q:
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
++++++++++++++++++++++++++++++++
A:
曾经用“好吧”一次，求sci-hub可下的文献两次，这回又发古怪信息刷屏，该踢了
----------------------------------------------------
2016.10.11 04:27:09
Q:
sign(λ2)ρ 老师这个的意思实际上是取λ2的符号（即+1或者-1）乘以电子密度？为什么我用multiwfn做出的AIM
中的ρ不是和sign(λ2)ρ 成相反数关系呢？难道是我对应关系弄错了？@Sobereva
同样是mutiwfn做的，那么对于氢键的RDG中的sign(λ2)ρ 应该与AIM中的ρ成相反数关系啊，对不对李老师
@LiYuanhe
A:
就是那个意思
绝对值对应不上是你考察方式不对
你对某个一点计算各种实空间函数值，multiwfn输出的rho和sign(lambda2)rho的绝对值不可能不一样
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2016.10.11 05:23:17
Q:
Bend failed for angle 36 - 58 - 50
Tors failed for dihedral 34 - 36 - 58 - 50
Tors failed for dihedral 35 - 36 - 58 - 50
Tors failed for dihedral 39 - 36 - 58 - 50
Tors failed for dihedral 2 - 50 - 58 - 36
Tors failed for dihedral 57 - 50 - 58 - 36
Tors failed for dihedral 59 - 50 - 58 - 36
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in /home/g09/l103.exe
Sob老师，我在计算过度态的时候出现这个错误，刚接触高斯，不是很熟练，求指导
A:
opt=cartesian
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2016.10.11 05:44:19
Q:
求教一个G09做二面角PES刚性扫描的问题：
[图片]我想扫描二面解4-3-14-16，
我是这样写input的
[图片]
[图片]
[图片]
为什么我的log文件只算了一次单点能，
[图片]
A:
你后头定义被扫描变量是柔性扫描格式，刚性扫描根本不是那么写的
Q:
是 D 90.0000 36 10.0 ？
A:
y
Q:
请问刚性扫描输入文件是怎么写的？
A:
RTFM
Q:
RTFM?
[表情]
我看过手册了，
R1 1.41 3 0.05
A1 104.5 2 1.0
A2 120.0
但是还是不太懂啊
A:
看multiwfn手册3.12节的介绍和4.10节的例子
手册里信息应有尽有
Q:
是的，我知道，但是rigid scan里怎么确定要扫的二面角呢
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.10.11 05:48:04
Q:
the peptide sequences are capped with NME and ACE or if the zwitterionic forms are used，请问这个指
的是什么？比如Seine，在计算时结构如何处理呢？
A:
NME=甲胺
ACE=乙酰基
常用的封闭多肽两端的基团
Q:
在计算serine的时候，NME和ACE都得采用呗？
A:
看你算什么、以什么形式算，光说个算serine怎么回复
----------------------------------------------------
2016.10.11 06:14:29
Q:
请问老师有相关于PDOS、DOS的博文吗@Sobereva
A:
看multiwfn手册3.12节的介绍和4.10节的例子
手册里信息应有尽有
Q:
[图片]老师，这版本不同会对结果有影响吗
A:
看具体情况
绝大多数情况不会
版本越新越可靠
Q:
3.3.9都正式上线了
我觉得这软件更新有点快
都3.4了
A:
3.4(dev)离3.4还远着呢
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2016.10.11 06:39:41
Q:
Sob老师，我做的一个体系中含有40个原子，优化的方法是选用B3LYP方法，单点能用CCSD算不动。我想问一下，单
点能的计算用什么方法算可行？
A:
双杂化
Q:
您是说B2PLYP方法吗？
A:
这是最烂的双杂化，看
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344
Q:
B2PLYP也没那么不堪吧
A:
烂
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2016.10.11 06:41:35
Q:
sob老师我想做硫酸氢根的一个二面角扫描，6-4-1-5，但是6-4-1-2和6-4-1-3和6-4-1-5是等价的，我看到你书上
的扫面乙烷二面角说等价二面角必须等价定义，但是我的内坐标是这样的，怎么等价定义呢？[图片][图片]@Sobereva
A:
柔性扫描多省事，扫哪个直接一写就完了
Q:
柔性扫描一个就行了？
不用管等价的事啦吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.10.11 11:17:09
Q:
各位，我想问一个入门级的傻问题，假如我想做分子动力学的模拟，计算几千个水分子里面的多肽分子的行为，我
该用什么软件。
A:
gromacs、NAMD、amber
Q:
谢谢，这里面哪一个的界面比较亲用户呢
向高斯一样比较好用的。。。
A:
没那么美的事
想那么图形界面傻瓜化只能用discovery studio之类，但要钱
Q:
Amber 也是要花钱买的
A:
几乎免费了
要求不高时sander足够用
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2016.10.11 17:03:00
Q:
nwchem有没有wb97x这个泛函？用这个报错，难道我写的不对？
sodft除了它，还有哪个软件能算
A:
turbomole
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2016.10.11 17:59:47
Q:
高斯EOMCCSD方法计算，怎么分次计算一次计算算不完
A:
每次可以指定只对指定对称性的算数个态。不同对称性的可以分着算。
----------------------------------------------------
2016.10.11 18:44:08
Q:
线性相应和态特定方法计算激发能更加准确呢？理论上貌似是态特定，但是我的SS激发能比LR激发能相对实验值更
低。
A:
态特定。
如果LR更好属于巧合或误差抵消
----------------------------------------------------
2016.10.11 18:53:18
Q:
请问能不能用multiwfn分析紫外是由什么基团产生的吗？
请问能不能用multiwfn分析紫外是由什么基团产生的吗？
A:
可以。用Multiwfn做密度差图或者electron-hole分析或者绘制跃迁密度矩阵图看电子激发主要牵扯的原子
----------------------------------------------------
2016.10.11 20:00:09
Q:
请问有人知道，做QM/MM中使用AMBER力场时，所需要的电荷使用什么方法计算的吗？ AOIM方法，Hirshfeld方法，
AIM方法，Mulliken方法等类型的方法？
A:
你是指amber力场里的电荷用什么方法算的？用RESP算的，看原文便知。
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2016.10.11 22:20:09
Q:
老师好，那个Multiwfn 的轨道成分分析中可以自动确定homo lumo轨道吗？还是一定要确定他的index呢？
A:
自己输编号
懒得找HOMO、LUMO编号的话就进主功能0，文本窗口直接提示HOMO、LUMO的编号
----------------------------------------------------
2016.10.11 22:21:05
Q:
老师我想请问一下，gaussian view里面这里的自旋指的什么？除了单重和三重为什么还有其他呢？[图片]
A:
[图片]
Q:
谢谢老师[表情]
我们平常不是都认为自旋多重度只有0 和1 吗？那下面0.5， 1.5等等是怎么出现的呢？
还是那个s 指的是自旋角动量？
A:
自旋多重度哪可能有0
基础知识完全不懂
Q:
说错了，是1和3
A:
图中写得很明确了
电子数是偶数时显然各种奇数自旋多重度都是有可能的
感兴趣的通常是能量最低的态罢了，对有机体系大多是自旋多重度最低的
Q:
谢谢老师，自旋多重度我明白了，那如果这样为什么激发态只有单重和双重的？是只考虑最外层的两个电子自旋吗
？
A:
根本没这说
Q:
就是说激发态也有多重态？基本上不考虑吗？
A:
不管是基态还是激发态都有自旋多重度的概念
Q:
所以激发态其实也存在四重态五重态，只是平常不考虑，只是考虑能量较低的单重和三重吗？
A:
对有机分子是如此
----------------------------------------------------
2016.10.11 22:35:57
Q:
请问老师，如何批处理将chk文件生成fch文件呢？
谢谢你
好像可以了，用formchk可以的吗？
A:
当然得用formchk
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258
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2016.10.11 22:53:01
Q:
量化里面谱项这个概念重要吗？
A:
对于有对称性的分子重要
----------------------------------------------------
2016.10.11 23:12:42
Q:
请问这个自定义赝势有啥问题
[图片]
错误提示为
[图片]
加了层极化，为了和上面的基组匹配
A:
lanl2TZ(f)不是自带的
Q:
LANL2TZ好像也不行，算了，还是用LANL2DZ了
A:
都懒得去EMSL拷一下
Q:
对哦，忘了
A:
懒得拷lanl2TZ(f)的人一律用SDD，比lanl2DZ好不知哪里去了
Q:
SDD定义赝势是不是就可以写SDD？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.10.11 23:39:33
Q:
老师，我想问一下对于Ru同位素的计算，怎么得到核动能对不同类型同位素原子总能量和原子轨道能量的影响呢？
A:
问题莫名其妙
同位素设定不可能影响轨道能量和电子能量
不同同位素只影响热力学数据、振动频率、AIMD模拟结果等直接依赖于核质量的问题
----------------------------------------------------
2016.10.11 23:53:56
Q:
[图片]卡在这里好久了，是不是算不下去了啊？
[图片]
A:
否
Q:
？
因为之前一直停在这里，后来百度，看别人说加了integal(ultrafinegrid)，可以解决，我也就加了
A:
看，被百度坑了吧
用#P，监控计算过程细节
Q:
因为不懂，只能乱求医
我怀疑是不是我的分子结构有问题，是这样的结构
A:
振动分析用弥散（色散作用主导的除外），特别是给氢加弥散毫无意义，只会徒增计算时间
int=ultrafine不仅不解决问题，只会令计算量白白增高，问题加剧
Q:
[图片]
A:
不是结构的事
是机子慢，基组无意义地过大（弥散所致），又不监控细节信息，所以被蒙在鼓里
这种体系# M062X/6-311G** opt freq足矣
Q:
好的，sob老师那您说对这样的结构做频率计算，用什么样的基组比较合适？用B3LYP-D3可以吗？我对四分子簇仿
真的时候，发现用B3LYP-D3更加接近实验结果呢
A:
6-311G**足够，不要加弥散
可以
----------------------------------------------------
2016.10.11 23:56:38
Q:
老师，是不是在计算过程中能使用全电子机组的就尽量避免赝势？现在计算中发现，全电子机组计算的含Cl、Br的
能垒与采用赝势算的含I能垒差好多。 @LiYuanhe
A:
否
Cl、Br根本没必要用赝势
诸如I，不考虑相对论效应用全电子基组远不如用相对论赝势
Q:
后一种能垒跟前两种差好多，这个时候应该怎么解决呢? （结构是对的，TS经过了IRC验证）@Sobereva
A:
要说具体用的基组，不要光看是全电子基组还是赝势基组
Q:
哦， Cl, Br B3LYP/6-311G**; I lanl2dz@Sobereva
A:
I lanl08或更好点lanl08(d)
Q:
好的老师
A:
Br数目少时6-311G**可以，比较多时也建议用lanl08或更好点lanl08(d)来节约时间
Q:
我的问题在于：想要比较含Cl、Br、I的反应能垒，发现使用赝势的（如I）和没使用赝势的（Cl或者Br）反应能垒
差的比较大@Sobereva
既然赝势更准确，我是不是考虑全使用赝势？
A:
准确度和用不用赝势是两回事
Q:
好的
A:
你要想特别有可比性的话，对这仨都用def2SVP或更好的def2TZVP。def2对I虽然是赝势基组，但是和Cl、Br是一起
提出来的
----------------------------------------------------
2016.10.12 00:07:04
Q:
sob老师，我遇到一个问题，gview里怎么去处理有机盐的阴阳离子啊
直接分开把离子画出来吗？
A:
该什么结构就画什么结构就完了
Q:
这种的
[图片]
直接画出来么
A:
y
----------------------------------------------------
2016.10.12 00:11:08
Q:
[图片]老师，就是这个，我能通过计算DBOC了之后得到核动能对原子轨道能量的影响吗，还是没有影响就不用计算
呢
A:
一般不用考虑这个，考虑这个还得用Q-Chem之类的程序
Q:
嗯嗯，谢谢老师
老师，在考虑核动能的前提下怎么计算团簇的电子结构信息呢
A:
你先弄清楚BO近似、HF是怎么求解的再说这些
----------------------------------------------------
2016.10.12 00:25:16
Q:
老师，我的频率中总是有两个No，我在命令中加tight了，算了好几遍还是这样[图片][图片]老师能不能帮我看一
下，我自学的，所以好多东西了解的不透彻
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
光加个tight没用
----------------------------------------------------
2016.10.12 00:35:09
Q:
你好，我用CBS计算能量输入文件如下
%chk=React1.chk
------------------
# opt freq CBS-QB3
------------------
然后在频率计算完毕后有一个零点能矫正之后的值
Sum of electronic and zero-point Energies= -477.995998
输入文件最后也有一个零点能矫正之后的值
CBS-QB3 (0 K)= -477.379113
请问这两个值在意义上有什么区别吗
A:
不要写opt freq
Q:
额，是因为这个方法自动优化吗？
A:
优化和振动分析本身就包括在热力学组合方法里
Q:
恩好的
那我对已经找到的过渡态用CBS方法精确计算是不是需要加opt(ts,calcfc，noeigentest）
A:
y
Q:
还是这个问题我重新做了下输入文件关键词只有一个cbs-qb3
输出文件有频率计算的过程，频率计算结束后有
Sum of electronic and zero-point Energies= -477.995997
输出文件的最后也有
CBS-QB3 (0 K)= -477.379113
这两个数值差别这么大原因到底是什么呢？
A:
你就看最后输出的就完了，别的不用管
----------------------------------------------------
2016.10.12 01:44:07
Q:
老师，我用QST2找过渡态，刚交上任务就自己掉下来是什么问题呢，log文件错误是这样的[图片]
A:
用opt=TS
Q:
[图片]
老师这样对么
A:
opt(TS,calcfc,noeigen)
自己给过渡态初猜
别依赖QST2
----------------------------------------------------
2016.10.12 01:46:53
Q:
Sob社长..镧系Tb的荧光化合物，m06x算的第一激发能0.2 eV，CIS算的4 eV左右..差距好大..
实验值在3 eV左右...
这个好伤人啊..
PBE0也是0.3 eV左右
m062x HF成分已经比较高了..
当然也不知道加高成分有没有什么改进..
对镧系看来是失败的..PBE0也一样..
A:
wB97X、CAM-B3LYP、LC-wPBE
Q:
基组用的6-311+g* 不差..
荧光都是2.5 eV左右的激发能..
垂直激发能在3 eV左右..
镧系离子是def-tzvp..
再大算不动了..
A:
镧系原子SDD，其它6-311G*足矣了，算得烂就是其它方面的事了
Q:
只算单重态...荧光就是第一单重激发态..
体系带-3电荷..所以加弥散了
m062x优化的结构和实验值挺接近..
SDD，没试过算激发能..也试试吧..
CIS倒是蛮符合实验的..
TDHF没试过..
那个符合的好就用哪一个.
CIS(D)用高斯整？
A:
那还不如M06HF
Q:
M06HF的HF成分多少了..
希望高HF成分能改善..
A:
100%
----------------------------------------------------
2016.10.12 02:57:43
Q:
请问对于双自由基体系，多重度是设为1么？
A:
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
----------------------------------------------------
2016.10.12 04:14:23
Q:
各位老师，请教一个关于IRC计算的问题，IRC计算中如果没有专门给定StepSize，横坐标的单位是什么？[图片][
图片]高斯手册上的意思是不给定StepSize的话单位是0.1Bohr吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.10.12 04:32:29
Q:
请问一下各位大神，这种类型的图（the deformation map of electronic density of CunFe）怎么做？[表情]
谢谢大家了
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
----------------------------------------------------
2016.10.12 04:49:28
Q:
还有个问题，Bohr和[图片]这两个单位是不是不同坐标系的等价位置？也就是说0.1Bohr位置是不是就是0.1[图片]
的位置？我是看好多文献都是这个长单位
A:
不是
你若以bohr为单位指定步长，高斯会先换算为质权坐标的步长。
仔细看输出文件，都有显示
----------------------------------------------------
2016.10.12 05:02:06
Q:
请问刚性扫描能同时扫描两个二面角吗？
A:
能
Q:
像这样设置吗？[图片]
A:
y
----------------------------------------------------
2016.10.12 06:15:36
Q:
请问大神，这个cep-121g属于赝势机组吗？对这个定义不太清晰，麻烦各位了。[表情]
请问大神，这个cep-121g属于赝势机组吗？对这个定义不太清晰，麻烦各位了。[Emoticon]
A:
属于。不怎么样，一般不用
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2016.10.12 14:34:53
Q:
sob老师，在分析AdNDP的时候，出现[图片]，请问该如何处理？谢谢。
A:
屏幕提示已经说了，搜索出来候选轨道太多。要么把阈值设严一些使得少搜索出一些来，要么自己修改源代码里
缓冲区大小重新编译
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2016.10.12 16:59:28
Q:
我想问问用高斯做计算的人，cpu用i7和xeon差别大么？有没有说i7不如xeon稳定之类的问题？
志强顶级的cpu频率略低
A:
差别主要是XEON核数多，可以多路并行。稳定性没有任何差别，单核性能只要架构、频率相同也没有差别
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2016.10.12 17:03:24
Q:
请教，
刚开始使用的是 SDD 加 6-311+G(d,p)，发现计算量有点大
现降低计算量 SDD 加 6-31+G(d) ，这样可以不？
请问，四极矩的大小和方向能够说明什么问题？
能不能通过四极矩来发现正负电荷分子周围的电子密度的变化？
A:
如果弥散不是非加不可，用6-311G*远比6-31+G*结果好得多还是还通常更低
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2016.10.12 17:16:36
Q:
sob老师，我想用前线轨道能级的gap解释吸收光谱，我应该用优化结果分析gap，还是用td吸收结果分析gap？（优
化时没有加溶剂，做吸收光谱时加溶剂了）@Sobereva
A:
当然用TD
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2016.10.12 17:24:09
Q:
sob老师，十月份都快要过去了。请问Gromacs什么时候开始呢？盼了大半年了都。
A:
预计12月。提前一个月才会公布正式通知
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2016.10.12 18:34:13
Q:
[图片]
各位大神，请问这种两个片段相互作用势能的等高线图是怎样做出来的呢？
A:
把一个分子放在另一个分子附近不同位置计算能量，构成二维数据来作图
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2016.10.12 22:30:07
Q:
前辈，不好意思打扰您一下，想请教一下gaussian里面cubegen算出来potential的单位是啥啊
A:
a.u.
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2016.10.12 22:45:12
Q:
源资的人说，VASP要求论文的第一单位是vasp的购买单位，是吗？
说medeA也是。有什么严格吗？
有这么严格吗？
A:
以总部为准，源资只是medea的代理
个人并不信有这条要求
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2016.10.12 22:46:12
Q:
老师，同学，打扰下。有谁发表过或者有用Multifun软件做的Spin Density的图，或者有这个文章的。[图片]我现
在做了一个图，但是不太会分析。想求助发表过这类文章的朋友。
A:
明显不是自旋密度图而是电子密度图
Q:
实在不好意思。说错了[表情]，想看一下发表过这个图的文章。学学里面的解释
A:
分析自旋密度的文章无数，google学术搜索一搜spin density就能找到一堆分析自旋密度的文章
Q:
我下了一个Multifun类文章的文件夹，里面有一千多篇文献
老师，不好意思。刚才我发的这个图是电子密度？不是Spin density？谷歌学术搜Spin density可以吗？
A:
显然是电子密度
Q:
那我搜electron density？
A:
你搜spin density啊，搜电子密度干嘛，又不是要分析电子密度
Q:
[图片]
A:
不用管
Q:
可是打不开啊老师
A:
直接google搜就完了，从引用Multiwfn的pdf文献包里搜反倒不方便
----------------------------------------------------
2016.10.12 22:48:27
Q:
我现在是要计算IRC路径上的每个点呢，怎么打开那个路径图呢
A:
results-IRC
Q:
请问，做ＩＲＣ时，
irc=(maxpoints=10,recalc=3,calcfc)
maxpoints=10　够吗？
A:
取决于目的
要想跑完整的话显然不够
只是验证过渡态合理性的话还凑合
Q:
取１２
３的整数倍，
这样妥当吗？
A:
随意
----------------------------------------------------
2016.10.12 23:30:38
Q:
[图片] 老师算光谱时出现这样的错误是怎么回事呀[图片]谢谢
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.10.13 00:23:26
Q:
sob老师您好，采用结构优化以及算wfn文件采用的方法不同，进行电子密度拓扑分析时得到的拉普拉斯量会有很
大的差别吗？我重复文献的结果，文献得到的是正的，我用不同的方法得到的是负的。因为文献用CCSD(T)/aug-cc-
pVTZ，我跑不动。
A:
优化和产生wfn文件用的级别不需要相同。对大多数波函数分析，B3LYP/6-311G**这个档产生的波函数足够了
----------------------------------------------------
2016.10.13 05:01:03
Q:
请问各位，amber程序运行时的临时文件夹是哪个？
A:
没有临时文件夹这说，动力学程序不像量化
----------------------------------------------------
2016.10.13 06:45:57
Q:
sob老师，我把您编译的用于调节长程泛函w的程序安装在linux系统服务器上，但是不知道用什么命令调用。
A:
直接./optDFTw就运行了
----------------------------------------------------
2016.10.13 06:47:33
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
就是衡量原子间共享的电子对儿数。甭用Mulliken电荷，看群共享里《原子电荷计算方法的对比》中的讨论
----------------------------------------------------
2016.10.13 07:08:44
Q:
老师您好！gaussian中加电场优化时，手册里说必须用内坐标或符号直角坐标，且用关键词opt=z-matrix nosymm
field=x+60,我想问下可不可以用一般的直角坐标，然后加关键词opt nosymm field=x+60吗？我是要把电场加在某一个
化学键上，然后看电场对键的长度变化的影响，不知道怎么办了。
A:
要用笛卡尔坐标
而且用nosymm。要不然电场相对于分子加的方向都搞不清楚
----------------------------------------------------
2016.10.13 07:19:02
Q:
为何多中心键级是综合评价极高的芳香性分析手段？
A:
使用方便，速度快，原理清楚，普适性强
Q:
但不能比较不同原子构成的环吧？
A:
不同原子数？
Q:
一般什么方法可以比较有机环，配位环和金属环的芳香性？
A:
同样原子数，不同化学组成的环可以比较
Q:
例如吡唑环和环三核金属
哦哦，ICSS和NICS应该可以比较各种环的芳香性
A:
最新版本的multiwfn算多中心键级时候会考虑个额外的系数，使得不同大小的环也基本上能比
Q:
组成和原子数都不同的环，有什么比较方法？除了多中心键级。
另外，一篇论文里，用多中心键级，ICSS_ZZ，NICS_ZZ，RCP处曲率和HOMA比较芳香性，应该就足够全面了吧？
A:
huckel
y
Q:
也就是NICS_ZZ和ICSS_ZZ也适合分析不同作用力连结起来的不同化学组成和不同原子数的环芳香性？以及可以比较
S0和T1的芳香性？
A:
NICS比较不同大小的环有一定麻烦。对元素倒是普适
Q:
轨道的分析我总感觉主观性略大，例如AdNDP
麻烦的意思，是需要经过适当处理才能得到可比数据？？
A:
环大小本身也会影响NICS
RCP的数值也是受环大小明显影响
Q:
是的。那ICSS_ZZ可以吗？
A:
也受一定影响，看具体怎么考察了
Q:
所以一个体系中存在多类环的情况下，不好比较这些环的芳香性？
对于azulene这样的例子，也不好准确的比较五元环和七元环？
A:
恩
Q:
我看您的ICSS的博文里比较这个分子的两个环的芳香性，还以为环的大小影响不大
A:
差异很明显，一看就知道谁大谁小可以比，但是差异不大，或者需要定量上讨论，不那么好办，不好排除环大小的
影响
----------------------------------------------------
2016.10.13 07:32:29
Q:
大家MS8.0 Dmol3模块最近有没有出问题我的怎么用不了了提示Unable to connect dialog
Unable to connect dialog - 给定关键字不在字典中。系统是Windows7，[图片]
A:
如果是分子体系，用高斯好得多，甭用dmol3
----------------------------------------------------
2016.10.13 08:29:19
Q:
老师您好，有什么软件在频率可视化过程中可以固定一个原子，而不是固定质心振动？这样更加便于描述
A:
印象中没见过这种程序
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2016.10.13 10:41:18
Q:
PyMol360，开始支持游戏杆
[图片]
A:
虚拟现实摆弄结构水一篇也就罢了，这篇无聊至极
----------------------------------------------------
2016.10.13 15:08:29
Q:
各位早上好，对于Co钴配合物，gaussian计算时常用什么基组，谢谢
A:
SDD、lanl2TZ、lanl2TZ(f)
----------------------------------------------------
2016.10.13 17:20:16
Q:
各位老师，请问一下，对于离子间的相互作用也可以使用静电势分析吗？
老师，我有一个问题想请教一下，我使用gaussian计算一个含有五十八个原子的聚合苯环掺入硼、氧与钾离子和氢
氧根离子之间的相互作用，使用并b3lyp-d3方法，基组选择什么级别较好？
A:
可
优化用6-311G**，单点计算用6-311+G**，计算量有富余可用ma-TZVP或may-cc-pVTZ算单点
----------------------------------------------------
2016.10.13 17:36:41
Q:
请问多中心键级为负，说明什么？在M06-2X/6-311G**下算得。
A:
看情况，比如3中心的，负值体现3c-4e特征
Q:
反芳香性在多中心键级怎么体现？
A:
并不能明确体现，虽然有时候会有一点点负值，但说不清楚
----------------------------------------------------
2016.10.13 18:14:48
Q:
sob老师我用Multiwfn绘制荧光光谱当输入3后出现的菜单只到16并没有出现20[图片]
A:
用最新版本再试
----------------------------------------------------
2016.10.13 18:50:59
Q:
http://item.jd.com/10551843885.html《中国学科发展战略·理论与计算化学》这本书不知道怎么样各位文青们
[Emoticon]
A:
没必要买，都是泛泛其谈，对个人读者没太大用处
----------------------------------------------------
2016.10.13 19:05:57
Q:
[图片]老师，我想问一下，这种前线分子轨道图有可能做成或直接保存成可编辑的形式吗？
Editable figure files (each figure in a separate EPS/PostScript/Word file) if any, taking into
consideration that TIFF, JPG, JPEG, BMP formats are not editable.我有一篇文章，这是杂志社给我的意见。但
是，我搞不明白他是什么意思，我其实也是蒙蒙的。
A:
你就保存成jpg、tif之类格式就完了，甭管其它的事，编辑不会找麻烦
----------------------------------------------------
2016.10.13 21:48:27
Q:
老师，我计算CASSCF的例子，计算的轨道能量显示0[图片]
做CASSCF不能显示轨道能量值吗？
A:
CASSCF本身就没轨道能量这说
----------------------------------------------------
2016.10.13 21:51:59
Q:
sob老师：上次我反应的计算卡壳的问题，按照您说的方法得到解决了，但是结果出现了太多的虚频[图片]
我的分子结构是从CCDC数据库中找到，然后截取了与中心分子可能存在分子间相互作用的这样一个7分子结构，可
能这样的结构本身就是不稳定的，出现虚频是不是正常的呢？
[图片]结束前的信息，达到了三个收敛标准
A:
你截完了不优化就算频率难免有虚频
----------------------------------------------------
2016.10.13 23:07:26
Q:
然后怎么判断加CN后苯上电子云密度是增加还是降低了？
总的电荷是0，对吧，也就是原子上分布的电荷是一个百分比，是一个相对的值
能体现出电荷的转移吗
A:
算个片段电荷就完了。看群共享里《原子电荷计算方法的对比》
----------------------------------------------------
2016.10.13 23:13:45
Q:
请问群里有关于 PDOS在实空间分布的物理意义的相关文章吗？求分享
A:
如果指Local DOS，看J. Phys. Chem. Lett. 2014, 5, 3701−3707
----------------------------------------------------
2016.10.13 23:25:49
Q:
gaussian里面IRC，能不能指定先跑forward还是先跑reverse
A:
只能指定跑哪边，不能指定谁先跑
----------------------------------------------------
2016.10.13 23:30:28
Q:
有没有哪位大神用MS/Dmol3模块计算过反应动力学参数指前因子和活化能，最近在做，不是过渡态搜索失败就是计
算出来的活化能为负值，望指导！
A:
找过渡态的算法明显不如高斯稳健。而且不支持高级一些的理论方法和基组。其它相关功能也比高斯弱得多。
----------------------------------------------------
2016.10.13 23:33:55
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
----------------------------------------------------
2016.10.13 23:36:33
Q:
老师，高斯计算频率中断后，可以续算吗
A:
[图片]
[图片]
盲目继续算根本没用
Q:
我原来的.chk被覆盖了
是不是就没法续算了
A:
是
----------------------------------------------------
2016.10.13 23:37:42
Q:
http://iopscience.iop.org/article/10.1209/0295-5075/27/2/006/meta
就是这一篇，先谢了
我现在不在学校，不能下载
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
----------------------------------------------------
2016.10.13 23:39:03
Q:
风飞撤回了一条消息
老师：请问您觉得我的这个IRC走的怎样？[图片]会不会很怪呢？
A:
看IRC轨迹，如果IRC轨迹正常，使用的计算级别也合理就正常
----------------------------------------------------
2016.10.13 23:39:15
Q:
按照您说的用M062X 6-311G**来做优化和频率计算，结果出现了虚频，说明能量没有达到极小值，查看输出文件
发现4个收敛条件只有三个满足了，接下来我应该怎么做呢？
意思是取出最后的结构继续做优化和频率计算吗？
优化和频率一起的
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2016.10.13 23:41:09
Q:
老师，multiwfn中我看能分析电子密度，但是如果要是分析某个分子轨道的电子密度，比如HOMO的电子密度是不是
需要做NBO分析？
A:
除非是做NAO方式的轨道成分分析，否则NBO毛用也没有
Q:
就是[图片]这篇文章么
A:
里面说了NAO方法
----------------------------------------------------
2016.10.13 23:41:18
Q:
[图片] 输入lanl2tz出错，谢谢
A:
EMSL上拷基组定义
----------------------------------------------------
2016.10.13 23:46:11
Q:
[图片]
请问有看收敛曲线方面的帖子吗
关于怎么通过这些收敛判据再找对应的点进行计算
A:
继续算收敛可能性<20%
拿最后的点调整关键词继续优化
Q:
#p opt pbepbe/genecp nosymm guess=read int=ultrafine scf=conver=4
这是我现在的命令行请问还需要加什么
不好意思没有int那个
A:
怎么能用scf=conver=4！
int=ultrafine对当前泛函没意义
Q:
这个只是作为一个初猜想让他先收敛了
A:
没意义
Q:
后续再用这个结果在更精确计算可以这样吗
A:
徒劳，并不会节省整体时间
Q:
用它默认标准的优化不出来才想的这个笨招[表情]
用它默认标准的优化不出来才想的这个笨招[Emoticon]
恩是的
A:
再低也不能低于6
尤其是几何优化，强烈不建议改默认的SCF conver
Q:
那我能用这个最后的结果作为初猜重新优化吗？
A:
可
----------------------------------------------------
2016.10.13 23:49:02
Q:
高斯算一个多聚的体系，[图片]已经半个月了[图片]杀不杀掉呢？老师
A:
杀
怎么能用scf=conver=4！
Q:
可是貌似要收敛
A:
没意义
Q:
高斯不能算多聚体吧老师
高斯搜脸限度默认为8吧
A:
多聚体当然能算
再低也不能低于6
尤其是几何优化，强烈不建议改默认的SCF conver
Q:
是嘛，我算的这个多聚体有收敛的趋势啊
A:
[图片]
[图片]
Q:
老师，有有关于多聚体在高斯中如何正确计算的博文吗？
计算时很容易L502
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
多聚体SCF没什么难收敛的，也就几何优化有时候难收敛，除非初始结构很不合理，或者基组里弥散函数过剩
----------------------------------------------------
2016.10.13 23:52:10
Q:
就是感觉上面的峰太平了，不像其他的IRC是一个尖峰，我用的是：b3lyp/6-31G(d).而且M1和M2的结构和像，感觉
虽然翻了一座山，但是结构没变，对于这种情况，请问老师，您怎样看呢？这种情况常见吗?谢谢@Sobereva
A:
不清楚你的意思，本身有的IRC就是有多段过程的，未必是一个尖峰
----------------------------------------------------
2016.10.13 23:54:36
Q:
请教一下，想表达分子结构以及其附近的多个ICSS_ZZ等值面时，如果分子不在任何一个坐标平面上且中心不在坐
标系原点，应如何输入截面
A:
[图片]
你是指VMD里设定截面？
----------------------------------------------------
2016.10.13 23:54:53
Q:
老师，Multiwfn中，只有Mulliken电荷可以分配到各个MO中，别的电荷不能么？比如Hirshfeld电荷。
A:
你这种问法莫名其妙
如果要获得分子轨道当中各个原子的贡献，Multiwfn支持的Hirshfeld、Becke、SCPA、Mulliken、NAO等等方法都
可以
Q:
[图片]我看老师的博文，貌似Hirshfeld 比那几个好，不知道理解的对不
A:
没法简单地说谁好，各有各的优点和缺点
算原子的贡献通常推荐Hirshfeld和Becke，操作最方便，也不怕弥散函数。
----------------------------------------------------
2016.10.13 23:57:22
Q:
老师为什么我做出的荧光图只有一半呢[图片]
A:
可以调origin啊
修改横坐标范围
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2016.10.13 23:57:50
Q:
谢谢老师，最后请问我研究的是把两个团簇放到一起研究它们的分子间作用力但是加上色散就收敛不了了判据
显示NaF 这种情况是为何呢还有我尝试着优化里面单个团簇的结构加上色散力也是判据显示NaF 按理说分子内
是强相互作用加上色散不影响才对但为什么会不收敛呢？
A:
没具体信息不好说。没有什么NaF，只可能出现NaN
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