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[GROMACS] gromacs中生成top文件问题求助

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各位老师,我在使用Amber14SB+OL15的立场在生成RNA的top文件的时候,一直报错,我在按照讲义检测RNA的pdb文件时候使用脚本加上在AUGC碱基前加上了R,但是仍然出现这样的报错,请问大家这是什么原因呢,应该做哪些调整。我尝试看了报错,但是猜测可能是一些残基没有处理好,但是不知道怎么处理,谢谢。

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afd36468bc9d7db58c66a18251a2f22.png

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发表于 Post on 2024-12-2 22:18:51 | 只看该作者 Only view this author
加-ignh
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-3 09:07:58 | 只看该作者 Only view this author

好的谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-4 19:26:22 | 只看该作者 Only view this author

老师您好,我还有一个问题,我在使用脚本把pbd结构RNA的碱基前加上了R,但是再次打开以后会出现结构解体,即使成功生成topol文件,会报错很多long bond。请问这种情况怎么解决呢?

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