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[GROMACS] 请教mdp里的refcoord-scaling和continuation

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本帖最后由 bobosiji 于 2020-12-21 15:52 编辑

Gmx默认refcoord-scalingno(在barostat压控section),不知道啥时候需要选all或者com
-------------------------continuation-------------------
continuation手册的解释是(在constraint sectionyesdo not applyconstraints to the start configuration and do not reset shells, useful forexact coninuation and rerunsno则反之。不晓得以上具体说的啥过程?或者不用深究,如果是从上一个模拟接着跑,这儿就是yes(此时gen-vel必须是no);如果不是这儿选no就好了(此时若gen-velno,则体系初始温度是0K)?多谢各位提点~~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-21 21:42:42 | 只看该作者 Only view this author
google了下,如果没有position restraints,refcoord-scaling=all, com, none三者差不多。
如果有position restraint, com 比 all跑的模拟更stable?

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发表于 Post on 2020-12-22 02:22:13 | 只看该作者 Only view this author
本身refcoord-scaling就是对position restraints而言的,决定盒子改变时参考位置怎么变
比较常用的是refcoord-scaling = com,让参考位置的质心平移。一般不建议用refcoord-scaling = all,因为这会让参考坐标根据盒子尺寸按比例缩放,可能导致诸如化学键被限制势拉得比较长或者压得比较短

一般计算不用管continuation
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-22 09:46:52 | 只看该作者 Only view this author
多谢提点~那,如果没有position restraints,refcoord-scaling随便写啥都没关系,不影响模拟?

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发表于 Post on 2021-1-2 20:29:32 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2020-12-22 09:46
多谢提点~那,如果没有position restraints,refcoord-scaling随便写啥都没关系,不影响模拟?

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发表于 Post on 2023-8-28 09:19:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-22 02:22
本身refcoord-scaling就是对position restraints而言的,决定盒子改变时参考位置怎么变
比较常用的是refco ...

社长好,这里的位置限制不包括freeze吧?

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发表于 Post on 2023-8-28 16:02:44 | 只看该作者 Only view this author
社会主义小战士 发表于 2023-8-28 09:19
社长好,这里的位置限制不包括freeze吧?

freeze是另外一回事
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10
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发表于 Post on 2024-12-6 21:33:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-22 02:22
本身refcoord-scaling就是对position restraints而言的,决定盒子改变时参考位置怎么变
比较常用的是refco ...

sob老师,“一般计算不用管continuation”,我在mdp文件里面就不用特意设置yes或no?我的模拟em-npt平衡-production生产,输入命令gmx grompp -f production.mdp -c npt.gro -p system.top -o production.tpr,请问是会默认接着上一个模拟跑吗?

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发表于 Post on 2024-12-7 03:04:16 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2024-12-6 21:33
sob老师,“一般计算不用管continuation”,我在mdp文件里面就不用特意设置yes或no?我的模拟em-npt平衡- ...



参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)幻灯片里的做法:
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发表于 Post on 2024-12-7 09:52:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-7 03:04


参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)幻灯片里的做法:

谢谢sob老师!

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